Okul binamız, Nusaybin’de kurulan “ilk'' okul olma nedeniyle Merkez İlkokulu adıyla 1927 yılında kurulmuştur. İlk olarak dört derslikle eğitim-öğretime başlayan okulumuzda 2. ve 3. sınıflar birleştirilmişti; 1, 4 ve 5. sınıflar ise bağımsızdı ve bu dönemde yaklaşık 30 öğrenci vardı. Okul, 1928 yılında yapılan Harf İnkılabından önce kurulduğundan o dönemde Arap alfabesi kullanılıyordu. 1928’den sonra ise bugünkü harflerle eğitim-öğretime geçilmiştir.

İlçe nüfusunun artmasıyla birlikte ihtiyaca cevap veremeyen okul, 1964 yılında yıkılmış ve yerine Nezir DEVRİMCİ müteahhitliğinde altı derslikli yeni, betonarme bir okul inşa edilmiştir. 1968’de de ana binanın ikinci katı inşa edilmiş ve derslik sayısı on ikiye çıkmıştır. 

2019-2020 eğitim-öğretim yılında okul binamız Atatürk İlkokulu’nun Toplu Konut İdaresinde yapılan yeni binasına taşındıktan sonra, 2021 Şubat ayında Nusaybin İlkokulu olarak faaliyete girdi.