Okul 1927–1928 eğitim öğretim yılında şimdiki İlçe Çarşı cami’nin yerindeki eski binada eğitime açılmıştır. 

1952 yılına kadar bu binada hizmet vermiş ve 1952 yılında yapımı tamamlanan şimdiki binasına taşınmıştır. 

1993 yılında İlköğretim Okulu’na dönüştürülmüş. 1995 yılında 10 derslikli yeni binası hizmete açılmıştır.

Okul adını: Atatürk’ün yakın düşünce ve mesai arkadaşlarından, Kuva-yi Milliye hareketinde yer almış, TBMM´nin ilk üç döneminde milletvekilliği,  Mübadele  esnasında Bayındırlık ve İskan Bakanlığı, 1924 Anayasası´nın yürürlüğe konulduğu sırada Adalet Bakanlığı, Tevhidi Tedrisat sürecinde ve Harf Devrimi esnasında Milli Eğitim Bakanlığı yapmış siyasetçi, Özellikle Milli Eğitim Bakanlığı döneminde (20 Aralık 1925 - 1 Ocak 1929) yaptığı hizmetleri ile hatırlanan Mustafa Necati Uğural’dan almıştır.

2012 yılında Necatibey Ortaokulu olarak adı değiştirilerek kademeli olarak ortaokula dönüştürülmüştür. 

Okulun İsmi 2012 yılında bölücü terör örgütü ile girdiği mücadelede şehit olan Seyit YALÇIN’ın ismi verilerek Şehit Seyit Yalçın Ortaokulu olarak 2013 yılı nisan ayında değiştirilmiştir.

Okul iki ayrı binadan 5345 metrekare arsa üzerine kurulmuş olup,  okulda15 derslik, 1 BT (Bilişim Teknoloji) laboratuarı,1 fen laboratuarı ve 1 kütüphane bulunmaktadır.  Kapalı alanı 1106 metrekaredir. Okulda ayrıca Voleybol ve basketbol sahaları bulunmaktadır.

Okul binaları kaloriferli ve doğalgaz ile ısınmaktadır.