Okul 1915'te bir iptidai ve bir de ihzari kısım olarak “Adapazarı İdadisi” adı ile açılmıştır. Her yıl bir sınıf ilave edilerek 1917 yılında tam şeklini almıştır. 1920 yılında tasarruf kastiyle vilayet tarafından resmen kapatılmıştır. Halk, vilayet nezdinde teşebbüse geçmiş ve mektebin muallimlerinden Faik, Asım, Hakkı, Cemil ve İstapen Beyler bir yıl talebeyi parasız olarak okutmuşlar; talebelerin dağılmamasına gayret etmişlerdir. 5 Mart 1921 tarihinde vilayet tarafından mektep tekrar açılmıştır. 

   27 Mart 1921'de düşman işgali üzerine okul Hendek ilçesine taşınmıştır. 27 Mart 1923 tarihine kadar okul istikrarsız bir öğretim dönemi geçirdiği için okul hakkında bu döneme ait resmi kayıtlar bulunamamıştır. 1923 yılında Büyük Millet Meclisinin çıkardığı bir kanun gereğince idadiler hususi muhasebeden umumi muvazeneye alınmıştır. Maarif Vekâleti bu arada 14 kazadaki idadiyi kapatmıştır. Bunların arasında Adapazarı İdadisi de bulunmaktadır. Atatürk'e yapılan ricalar üzerine bu idadiler tekrar açılmış ve 1924 yılından sonra bu idadiler lise adını almıştır. Bu arada Adapazarı İdadisi de Adapazarı Lisesi olmuştur. 1926-1927 ders yılında mektebin adı Teşkilat-ı Orta Mektebe çevrilmiş ve ilk kısım kapatılmıştır. Bu tarihten 1955 yılına kadar ortaokul olan okul, 1955-1956 eğitim-öğretim yılında iki sınıfı açılmak suretiyle ikinci devresi de ilave edilerek lise haline getirilmiştir.1956-1957 ders yılında son sınıflar da açılarak nihai şeklini almıştır. 1961-1962 ders yılı başına kadar orta ve lise kısmı beraber eğitime devam etmiş ve bu ders yılı başında lise kısmından ayrılarak Adapazarı Ortaokulu adıyla müstakil hale getirilmiştir. 

   17 Ağustos 1999 depreminden sonra okul binası Tepekum Mahallesi, Hisar Sokak'taki binasına taşınmıştır ve Merkez Atatürk İlköğretim Okulu adıyla eğitim-öğretime ilköğretim kısmını da ilave ederek başlamıştır. 2010 yılında okulun ismi Mustafa Kemal Atatürk İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiş, daha sonra da Mustafa Kemal Atatürk Ortaokulu adını almıştır.