Osmanlı İmparatorluğu döneminde 1871 yılında İlçemiz’de kurulan elli Sıbyan mektebleri ile hizmete başlayan İlköğretim Müdürlüğü Muzafferettin Gazi Medresesinde Taşköprü İlçesinde 1927 yılında meydana gelen büyük Taşköprü yangınına kadar hizmet vermiştir. Yangın sonrasında Taşköprü Hükümet Binasında hizmet vermeye başlamıştır. 1978 yılında Muzafferettin Gazi ilkokulu binasının ekine taşınmış olup, burada uzun yıllar hizmet vermiştir. 2026 yılının ocak ayı itibarı ile Atatürk Ortaokulu olarak bilinen Harmancık Mahallesi Mustafa Sıtkı Erkek Caddesinde No:28 deki okul binası ilçe milli eğitim müdürlüğü hizmet binası olarak değiştirilmiş ve burada hizmet vermeye devam etmektedir.