Karaman Rüştiye Mektebi’nin 1277/1860 yılında açıldığı ve 1894-1895 yıllarına ait eğitim istatistiklerine göre okulda 2 memur ve öğretmenin görev yaptığı ve 102 öğrencisinin mevcut olduğu belirtilmektedir. Ancak 1332/1913 tarihli Konya Vilayeti Salnamesinde okulun açılış tarihi 1288/1871 olarak bildirilmektedir. Okulda 3 öğretmen ve 62 öğrencinin olduğu kaydedilmektedir Okulun 1913 yılına kadar 210 öğrenci mezun verdiği ifade edilmiştir.

Okulun öğretmenleri, 1898-1901 Muallimi Evvel Hüseyin Efendi,  Hüsnü Hat Muallimi Nail Efendidir.

Ancak 1903 yılına ait maarif salnamesinde rüştiye mektebine ait bilgiler yer almamaktadır. Bu yıla ait idadi mektebine ait bilgiler verilmiştir. Bunun sebebinin ise rüştiye mektebinin idadi mektebi bünyesinde eğitiminin devem etmesinden kaynaklandığı düşünülmektedir.

         1932   Yılında "Karaman Ortaokulu" adıyla eski hükümet binasında öğretime açılmıştır. Karamanda lise açılmasıyla 1955 yılında okulumuz da lise bünyesine alınmıştır. Karaman Lisesi olarak 1966 yılına kadar eğitim ve öğretime yeni binada devam edilmiştir. 1966 yılında lise ve ortaokul olarak ayrılmıştır. Lise kısmı yeni binasına taşınmıştır, okulumuz "Karaman         Ortaokulu" olarak bağımsız ortaokulu statüsünde aynı binada eğitime devam etmiştir. 

        1972 yılında Karaman Anafartalar Ortaokulu´nun açılması ve Yunus Emre´nin Karamanlı olduğu belgelerle sabit olmasından sonra adı "YUNUS EMRE ORTAOKULU" olarak değiştirilmiştir.  

        1981 yılında binasının eski olmasından dolayı okul; Ticaret Lisesi binasına taşınmış, eski bina yıkılarak yeniden yapımına başlanmıştır. Şu andaki okul binası, 1987 yılında bitirilmiş ve aynı yıl yeni binaya taşınmış ve bu binada eğitim öğretim devam etmiştir.

      2012-2013 eğitim öğretim yılında 4+4+4 eğitim 

sisteminin gelmesiyle okulumuz ortaokul kapsamına alınmış ve "Yunus Emre Ortaokulu" olarak halen eğitim öğretime devam etmektedir. 

  Okulda 30 Öğretmen, 360 öğrenci bulunmaktadır.