Okulun yapımı ilk olarak 1936–1937 yıllarında Burdur Yeni Mahalle Köprübaşı (eski BP köprüsü civarı) mevkiinde planlanmış ve temelleri atılmıştır. Ancak dönemin maddi imkânsızlıkları nedeniyle inşaatın temelleri yaklaşık 7-8 yıl boyunca atıl vaziyette kalmıştır. Burdur eşrafından Hacı Nebizade, o sırada İstanbul'da bulunan aslen Burdurlu ünlü hayırsever Eczacı Hüsnü Rıza Bayer'e ulaşmıştır. Hüsnü Bayer, okula kendi adının verilmesi şartıyla dönemin çok büyük bir meblağı olan 25.000 Lira nakdi yardımda bulunmuştur. Diğer hayırsever vatandaşların da katkısıyla tamamlanan okul, 1945 yılında Hüsnü Bayer İlkokulu adıyla resmen eğitim-öğretime açılmıştır.12 Mayıs 1971 tarihinde meydana gelen büyük Burdur Depremi'nde okul binası ağır hasar alarak tamamen oturulamaz hale gelmiş ve tahliye edilmiştir. Eğitim faaliyetlerine bir süre bahçeye kurulan barakalarda devam edilse de, 1972 yılında okul arazisi parsellenerek satılmış ve 1945'te kurulan bu ilk bina tamamen tarihe karışmıştır. 1945'te kurulan ilk bina depremle yıkıldıktan sonra, hayırsever Hüsnü Bayer'in adı Burdur'da iki farklı okul organizasyonuyla yaşatılmaya devam etmiştir: İlk okulun yıkılmasıyla mağdur olan öğrencilerin bir kısmı ve okulun tarihsel mirası, günümüzdeki Burdur Mehmet Akif Ersoy İlkokulu bünyesine devredilmiştir.1994 yılında Burdur Lisesi'nin iş yükünü azaltmak amacıyla açılan "Merkez İlköğretim Okulu", Burdur Valiliği'nin 1996 tarihli kararıyla eski hayırseverin anısını yaşatmak adına Hüsnü Bayer ismini devralmıştır. Bu kurum günümüzde Hüsnü Bayer Ortaokulu adıyla eğitim vermektedir.