Çanakkale ili Merkez ilçesine bağlı Erenköy yerleşim yerinde bulunan okulumuz, Cumhuriyetimizin ilanından sonra ülke genelinde başlatılan eğitim seferberliği kapsamında, köy halkının eğitim ihtiyacını karşılamak amacıyla kurulmuştur.1969 -1970 Öğretim Yılı başında Çanakkale Boğaz Komutanlığının tahsis ettiği 54. Batarya Komutanlığı kuzeydoğusunda bulunan eski bir lojmanda eğitim öğretime başlamıştır. İlk öğretim yılında kayıtlı 48 öğrenci, 1 müdür ve 1 öğretmen ile eğitim öğretime başlamıştır. 1970-1971 Öğretim Yılında bir ay kadar eski binada eğitim ve öğretime devam ettikten sonra 5 Kasım 1970 tarihinde bugünkü binasında eğitim öğretime başlamıştır. İlk mezunlarını 1971-1972 Öğretim Yılında vermiştir. Bağımsız ortaokul olarak hizmete başlamıştır. 1997-1998 Öğretim Yılında 8 yıllık kesintisiz temel eğitime geçilmiş 1. ve 2. kademe birleştirilerek İlköğretim okulu adını almıştır. 2005-2006 Öğretim Yılında ek binası tamamlanmış ve köy içindeki ilkokul ve anasınıfı da bugünkü binada eğitim vermeye başlamıştır. İntepe İlköğretim Okulu olan adı yerleşim yerinin adı değiştiğinden 12/08/2011 tarih ve 105/14029 sayılı Valilik Oluru ile "Erenköy İlköğretim Okulu" olarak değişmiştir. 26/03/2012 tarihinde çıkarılan 6287 sayılı yasa gereğince 4+4+4 uygulamaları nedeniyle Erenköy İlköğretim Okulu müstakil Erenköy İlkokulu ve müstakil Erenköy Ortaokulu olarak dönüştürülmüştür. Okul binası Erenköy Ortaokuluna tahsis edilmiştir. Erenköy İlkokulu ortaokul binasında misafir olarak eğitim öğretime devam etmektedir. 2014 yılında Müdür kadrosu ilkokula geçmiştir. 2022-2023 Eğitim Öğretim yılında okul binamıza deprem güçlendirmesi yapılmış olup 2023 Mayıs ayına kadar Kumkale Ortaokulunda eğitim öğretim faaliyetlerine devam edilmiştir. 2023 Mayıs ayından itibaren kendi binamızda eğitim öğretim faaliyetlerine devam edilmektedir. Okul binası Erenköy Ortaokuluna ait olmakla birlikte Erenköy İlkokulu da aynı binada eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir. 2024 yılı itibariyle Erenköy Ortaokulunda 12 kadrolu, 3 görevlendirme olmak üzere 15 öğretmen görev yapmaktadır. Müdürlük kadrosu İlkokulda olduğu için İlkokul Müdürü Ortaokul Müdürlüğüne vekalet etmektedir. 1 tane de kadrolu müdür yardımcısı bulunmaktadır.