Okulun adı vatanın her köşesinden gelip künyeleri bilinmeyen şehit askerlerin anısına Meçhul Asker İlkokulu olur. Türkiyede bir dizi okulun açıldığı 1928 yılında Ünye Meçhul Asker İlkokulu eğitim öğretime başlar.1933 yılında  Ünyede bir ortaokul açılır.Meçhul Asker İlkokulu´nun boşalttığı bina Ünye Ortaokuluadıyla eğitim öğretime devam eder.  1933-1958 döneminde okul olarak Rum Kilisesinin yanındaki bina kullanılmıştır.1964 yılında Ünye Lisesinin açılması ile aynı bina ve yönetim altında 1971 yılına kadar eğitim öğretime devam etmiştir.1971 yılında  Ünye Lisesi kendi binasına taşınınca tekrar bağımsız Ünye Merkez Ortaokulu olarak 1997 yılına kadar eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmüştür.1997 yılından itibaren kesintisiz 8 yıllık zorunlu eğitime geçildikten sonra okulun ismi Merkez İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir.1933-1964 yılları arasında Meçhul Asker İlköğretim Okulu olarak eğitim verdikten sonra kapanan (Günümüzde Arif VİDİNLİ adlı hayırseverin Halk Eğitim Merkezi yaptırdığı arsada bulunan okul) okulun adı da eklenerek Ünye Merkez Meçhul Asker İlköğretim Okulu olmuştur.  2010 yılında Milli Eğitim Bakanlığınınmerkez ve ilçe isimlerinin kaldırılması kararı sonunda Ünye ve Merkez ibareleri kaldırılmış, Meçhul Asker İlköğretim Okulu adını almıştır. 2013 yılından itibaren 4+4+4 eğitim sistemine geçildikten sonra  Meçhul Asker Ortaokulu ismini  alır.