Amasya Valisi Yörgüç Paşa’nın oğlu Mustafa Bey zamanında yaptırılan ve uzun yıllar medrese olarak kullanılan okul binası 1910 yılında Mekteb-i İktidai olarak Osmanlı Maarifine bağlanmıştır.1926 yılında Havza Merkez İlkokulu adını almıştır. Çevrede ‘Taş Mektep ’olarak bilinmektedir.2000 yılında okulumuza 10 derslikli bir ek bina yapılmıştır. Şuan sadece ek binada eğitime devam edilmektedir. Merkezi bir konuma sahip olan okulumuz ulaşım açısından kolaylık sağlamaktadır. Araştırma ve geliştirme ruhuna sahip, Değerler Eğitimine önem veren yapımızla disiplinsizlik en az düzeydedir. Sınıf mevcutlarımız idealdir ve her öğrenci ile yeterli zaman geçirilerek bir üst sınıfa giden öğrencilerimiz ne akademik ne de sosyal yönden sıkıntı yaşamamaktadır. Öğrencilerimiz ilgi ve yetenekleri göz önünde bulundurularak sosyal aktivitelere yönlendirilir. Okulumuzda Futbol, BOCCE, Cross spor etkinlikleri yapılmaktadır. Ayrıca satranç, tiyatro ve zeka oyunları alanında da sosyal kültürel etkinlik çalışmaları yapılmaktadır.. Okulumuzun veli, öğrenci, öğretmenlerimize rehberlik hizmetleri bulunmaktadır. Aynı zamanda yetiştirme programları, yoğunlaştırılmış yetiştirme programları ve İYEP kursları verilmektedir. İl ve ilçe genelinde yapılan Belirli Gün ve Haftalar dâhilindeki Resim, Şiir, Kompozisyon yarışmalarında dereceye giren öğrencilerimiz bulunmaktadır. Öğrencilerimiz BİLSEM sınavına yönlendirilerek gerekli çalışmaların yapılmasında rehberlik edilmektedir. Öğrencilerimize gerek sağlık gerekse maddi konularda yeterli destek sağlanmaktadır. Merkez İlkokulu İdari personeli, öğretmenleri, çalışanları, öğrencileri yardımsever, koruyucu bir ruha sahiptir. Burada herkes kocaman bir ailedir. Aynı zamanda sınıf öğretmenleri tarafından yapılan ev ziyaretleriyle öğrenciler ve veliler ile güçlü bir iletişim kurularak velilerde bu aileye dâhil edilmektedir.