Çankaya Ortaokulu, Mersin'in tarihi en eski okullarından biridir. Okulumuz, 1924 yılında bugünkü Silifke Caddesi üzerinde tek katlı taş binada Kurtuluş İlkokulu adı ile öğretime başlamıştır. 1947 yılında Çankaya İlkokulu adını almıştır. Çankaya İlkokulu şimdiki binasına 1995-1996 öğretim yılı başında taşınmış olup bu tarihten sonra adı Mobil Çankaya İlkokulu olarak değişmiştir. 

1997-1998 Eğitim Öğretim yılında Mobil Çankaya İlköğretim Okulu adını almıştır.  Okulun ismi 2000-2001 öğretim yılında Aralık ayında tekrar değişerek Çankaya İlköğretim Okulu olmuştur.

Kademeli eğitime geçiş sürecinde 2012-2013 öğretim yılından itibaren Çankaya Ortaokulu olarak eğitim-öğretime devam etmektedir.