Okulumuz, 1880 yılında Samsun'un ilk Rüştiyesi olarak Kale Mahallesi Salihbey Sokak'ta açıldı. İlk kurulduğunda ahşap bir yapı olan okul, o dönemde İstiklal Caddesi üzerinde yer almaktaydı. 1901 yılında ahşap bina yıkılarak Maarif Komisyonu tarafından yeniden inşa edildi ve Subaşı İlk Mektebi olarak hizmet vermeye başladı. Tarihi boyunca birkaç kez isim değişikliği yaşayan okul, 1914 yılında Özel İdareye devredildi ve 1915 yılında Samsun öğretmen okulunun tatbikat okulu olarak kullanıldı. 1917'de bina, doğu göçmenlerine verildi ve 1918 yılında tekrar Subaşı İlk Mektebi olarak açıldı. Daha sonra Sakarya İlkokulu olarak faaliyet gösteren binada Cumhuriyet İlkokulu olarak hizmet vermiştir. Cumhuriyet İlkokulu'nun kendi binasına taşınmasının ardından, eski binada Belediye Çocuk Bakımevi ve Orman Muhafaza Tabur Karargâhı olarak kullanıldı. Ancak 1945-1946 ders yılında tekrar Subaşı İlkokulu olarak açılan okul, 1960 yılında yıkılarak yeniden yapıldı ve Subaşı İlkokulu olarak faaliyetlerine devam etti. Eylül 2017'de, İlkadım Subaşı İlkokulu ile Sakarya İlkokulu'nun birleşmesiyle okul, Subaşı Anaokulu olarak eğitim öğretime başladı.