Pendik Lisesi, Pendik’in en eski ve en köklü okullarından biridir. 1938-1939 eğitim-öğretim yılında, Kadıköy Ortaokulunun bir şubesi olarak Camiikebir (Çarşı Camii) yanında, kiralanan ahşap ve küçük Azaryan Köşkü’nde faaliyete başlamıştır.

Bir sonraki eğitim-öğretim yılında Gazi Paşa Caddesi’ndeki Özel İdareye ait 63 numaralı binada eğitimine devam etmiştir. Aynı yıl Kadıköy Ortaokulundan ayrılarak “Pendik Ortaokulu” adıyla müstakil müdürlük verilmiş ve Naci Eker okul müdürlüğüne atanmıştır. Müstakil olarak kurulduğu dönemde okul; 1 müdür başyardımcısı, 1 müdür yardımcısı, 1 doktor, 1 memur ve 17 öğretmenden oluşmaktaydı.

1941-1958 yılları arasında Mustafa Göksel okul müdürlüğü görevini yürütmüştür. 1958 yılında Ahmet Erişen okul müdürü olarak göreve başlamıştır. Pendik Çamlık Mevkii’nde, Kızılay Kampı yanında inşa edilen okul binasının tamamlanmasıyla birlikte, 1072 sayılı Tebliğler Dergisi’nde yayımlanan Müdürler Komisyonunun 07.08.1959 tarihli ve 405-1-323 sayılı kararı doğrultusunda 1959-1960 eğitim-öğretim yılında lise olarak faaliyete geçmiştir. Aynı yıl yalnızca lise birinci sınıf öğrenci kaydı yapılmıştır.

01.03.1975 tarihinde emekliye ayrılan Ahmet Erişen’in yerine Kemal Tokuç okul müdürü olarak atanmıştır. Daha sonraki yıllarda sırasıyla; 05.05.1978–24.08.1982 tarihleri arasında Ruhi Ercan, 24.04.1983–18.08.1988 tarihleri arasında İbrahim Deliktaş, 14.10.1988–18.08.1992 tarihleri arasında Süleyman Yolcu, 16.09.1992–18.08.2010 tarihleri arasında ise Mustafa Dedebaş okul müdürlüğü görevini yürütmüştür.

Okulda 1993-1994 eğitim-öğretim yılında yabancı dil ağırlıklı lise bölümü açılmıştır. 2008-2009 eğitim-öğretim döneminde de depreme karşı güçlendirme çalışmaları yapılmıştır.

2012-2013 eğitim-öğretim yılından itibaren Milli Eğitim Bakanlığı tarafından sınavsız öğrenci alan Anadolu lisesine dönüştürülmüştür.

Günümüzde okul; A ve B blok olmak üzere iki bağımsız bina, bir kapalı spor salonu, bir konferans salonu ve bir kantin yapısından oluşmaktadır. Toplamda on dönümlük bir arsa üzerine kurulmuştur.