Pendik İlkokulu, ilk olarak 1908 yılında Pendik’te yaşayan Rum vatandaşların kilise mektebi statüsünde eğitim öğretime başladığı bir kurum olarak faaliyet göstermiştir. 1915 yılında devralınarak Türk vatandaşlarının hizmetine sunulmuştur.

1923 yılında Cumhuriyet’in ilanıyla birlikte, Osmanlıca yazılı tabelasından da anlaşıldığı üzere “Türkiye Cumhuriyeti Pendik Birinci Mektebi” adıyla eğitim öğretime devam etmiştir.

1927 yılında Pendik çarşı içinde, bugünkü Çarşı Camii karşısına taşınmış; eski Halk Kütüphanesi’nin bulunduğu yerde yer alan iki katlı binada eğitim öğretim sürdürülmüştür. İlk yıllarda üçüncü sınıfa kadar eğitim verilirken, akşamları Halk Mektebi adıyla okuma yazma kursları düzenlenmiştir. Kız öğrenciler ise sahilde, Petek Pastanesi’nin bulunduğu yerde bulunan tek katlı ahşap binada eğitim görmüştür.

1934 yılında Pendik sahilinde, günümüzdeki yerinde yeni ilkokul binasının tamamlanmasıyla birlikte okul, “Pendik Birinci İlkokulu” adını almış ve eğitim süresi beş yıla çıkarılmıştır. İlk mezunlarını 1929-1930 öğretim yılında 37 öğrenci ile veren Pendik İlkokulu, 1938 yılında çarşı içinde açılan ortaokula çok sayıda öğrenci göndermiştir.

2009 yılında İstanbul Sismik Riskin Azaltılması ve Acil Durum Hazırlık Projesi (İSMEP) kapsamında eski bina yıkılarak yerine yeni okul binası inşa edilmiştir. 2011 yılında yeni binasında eğitim öğretime başlayan okul, 57 öğretmen ve 1240 öğrenci ile Türk milli eğitimine katkı sunmaya devam etmektedir.