Cumhuriyet’in ilk yıllarında Eynesil’de modern bir eğitim yuvası kazandırmak amacıyla 1928 yılında temel eğitim binasının inşaatına başlanmıştır. Hummalı çalışmaların ardından 1934 yılında tamamlanan ve aynı yıl kapılarını açan okul, bölgede uzun yıllar boyunca "Eynesil Merkez İlkokulu" adıyla hizmet vermiştir. Kurulduğu dönemde yalnızca ilçe merkezindeki öğrencilere değil; Ören, İshaklı, Belen, Dereköy, Kekiktepe, Çorapçılar ve Aralık köylerini de kapsayan geniş bir havzaya hitap ederek bölgenin en önemli eğitim merkezi konumunu üstlenmiştir.

Zaman içerisinde nüfusun artması ve eğitim çağındaki çocuk sayısının çoğalmasıyla birlikte, mevcut tarihi bina kapasite olarak yetersiz kalmaya başlamıştır. Bu ihtiyacı karşılamak adına 1978 yılında 7 derslikli ek bir binanın yapımına başlanmış ve bu yapı 1980 yılında tamamlanarak hizmete alınmıştır. Ancak ilçenin dinamik yapısı nedeniyle bu genişletme hamlesi de kısa sürede yetersiz kalmıştır.

1980’li yılların sonunda yaşanan derslik sıkıntısı üzerine, Eynesil’in yetiştirdiği değerli iş insanlarından Mustafa Yüksel devreye girmiştir. Milli Eğitim Bakanlığı’ndan alınan resmi izinle 1988 yılında 11 derslikli modern bir okul binasının yapımına başlanmıştır. 1991 yılında tamamlanan bu yeni binayla birlikte, okulun köklü adı "Mustafa Yüksel İlkokulu" olarak değiştirilmiştir. 1995 yılında Türkiye genelindeki kesintisiz eğitim reformuna uyum sağlanarak kurum, "Mustafa Yüksel İlköğretim Okulu" statüsünü kazanmıştır.

Sınıflardaki öğrenci yoğunluğunun artmaya devam etmesi sebebiyle, mevcut binaya iki kat daha ilave edilmesi kararlaştırılmıştır. Devlet-millet işbirliğinin güzel bir örneği olarak; devlet imkanları ve merhum Mustafa Yüksel’in oğlu İlhami Yüksel’in katkılarıyla yürütülen bu genişletme projesi 1998 yılında tamamlanmış, böylece okul fiziksel olarak en geniş kapasitesine ulaştırılmıştır.