Vakıflar Umum Müdürlüğü Vakıf Kayıtlar Müdürlüğünde 1485-2270 sayı ile kayıtlı Maliye ve Maarif Nazırı Zühtü Paşa’nın vakfiyesinde; Medine-i Üsküdar’a bağlı kadı kariyesi (Kadıköy) hududu dahilinde Kızıltoprak civarında, şimendifer istasyonu yakınında bulunan arazisinde bir mektep inşa ettiği belirtilmektedir. Bu mektepte talim ve tedris ve terbiye olunup, mezkur çocukların yetim ve fukarasından üçte iki miktarı meccanen (parasız) ve geri kalan üçte bir miktarı zikudred (imkanı olan) varlığı bulunanlardan tedrisat ücreti alınmalı denmektedir. 

Okulumuz, 1915 yılında Feneryolu Hatboyu Caddesi'nde şimdiki adıyla Faruk Ayanoğlu Caddesindeki Deli Fuat Paşa'nın damadı Muammer Bey'in köşkünde üç kız üç erkek öğrenci ile öğretime başlamıştır. 1916 yılında Murad-ı Hamis adını almış, 1923 yılında Bağdat Caddesi'ndeki Rıfat Bey'in köşküne taşınmış, 1924 yılında eski vakıf okulları kapatılarak öğrencileri bu okullara nakledilmiş, kız-erkek karma öğretime başlamış ve adı da 6. okul olmuştur. 1925 yılında Kızıltoprak İstasyon Caddesi'ndeki Hüseyin Paşa'nın köşküne taşınmıştır. 1929 yılında, Zühtü Paşanın vasiyeti gereği şu andaki yerine taşınarak 1 Mayıs 1949 yılında ZÜHTÜPAŞA İLKOKULU adını almıştır. 11 Kasım 1952 yılında kagir bina yapılarak bugün B Blok denilen bina oluşturulmuş derslik sayısı 5 ‘e çıkarılmış, 15 Nisan 1968  de şimdiki A blok yapılmıştır. 2012 yılında deprem güçlendirmesi yapılmış ve 2013’te bina hizmete girmiştir. 

Okulumuz 2014-2015 Eğitim-Öğretim yılına kadar ilkokul-ortaokul olarak hizmet vermiş, bu tarihten itibaren ise ilkokul olarak Kadıköy İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü’ne bağlı olarak eğitim-öğretime devam etmektedir.