Muş Lisesi, ilk olarak Muş Ortaokulu olarak 1936-1937 eğitim-öğretim yılında faaliyete başladığı görülmektedir. Sözü geçen ortaokul binasına, 1954-1955 eğitim –öğretm yılında  mevcut durumuna iki baraka daha ilave edilerek okul Muş Lisesi adını almıştır. 1954 yılında dönemin başbakanı Adnan Menderes tarafından Muş Lisesi'nin açılışı yapılmıştır. Bir müddet sonra Yavuz Selim İlk Okuluna geçici olarak taşınmıştır. 1965-66 öğretim yılında yeni okul binası hizmete girmiştir. Muş Lisesi'nin bu binası 16 derslik olup, 1 spor salonu, fizik, kimya,  biyoloji, lisan ve bilgisayar laboratuarı ile bir kütüphanesi bulunmaktadır. 1966-67 Eğitim –Öğretim yılında açılmış olan pansiyon binası 150 öğrenci kapasiteli olup sınavla öğrenci almıştır. Bunun yanı sıra pansiyona fakir öğrenciler de İl Sosyal Yadımlaşma  ve Dayanışma Vakfı tarafından yerleştirilmiştir. Öğrenci sayısı günden güne artan Muş Lisesi mevcut derslikleri yetmeyince ikili öğretime geçmiştir. Öğrenci sayısı 1500’e kadar çıkmıştır. 1996-97 Eğitim –Öğretim yılında Muş Şeker Lisesinden Muş Lisesine Yabancı Dil Ağırlıklı Lisesi (Süper Lise) nakledilmiştir. 1997-1998 eğitim öğretim yılında Ortaokul kısmı kapatılmıştır. Okulun isimleri 2005-2006 Muş Cumhuriyet Lisesi ‘ne dönüşmüş, 2009-2010 eğtim öğretim yılında tekrar  Muş Lisesi adını almış, en son 2013-2014 Muş İbn-i Sina Anadolu Lisesi adını almıştır. Eski okul binası 2017 yılında yıktırılarak yerine yeni okul binası yaptırılmıştır. Okulun bünyesinde 2017-2018 eğitim öğretim yılında Muş Nizamülmülk Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi kurulmuş.2019’dan itibaren Muş İbn-i Sina Anadolu Lisesi kapatılarak okul binası Muş Nizamülmülk Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi’ne tahsis edilmiştir. Muş Lisesi Arşivi ve İl Eğtim Tarihi Müzesi de bu okula devredilmiştir.