Kuzguncuk İlkokulu’nun bugün hizmet verdiği tarihi bina, Kuzguncuk’ta İcadiye Caddesi’nden Babanakkaş Sokağı’na uzanan yokuş üzerinde yer almaktadır. Bölgenin önemli sivil mimari yapılarından biri olan bina, 1865 yılında Sultan Abdülaziz tarafından hekimi Marko Paşa için köşk olarak yaptırılmıştır.

Kurum, 1927 yılında “45. İlk Mektep” adıyla eğitim faaliyetlerine başlamıştır. İlk olarak İcadiye Caddesi üzerinde bulunan Alliance Israelite Mektebi binasında hizmet veren okul, daha sonra semtin tarihi yapılarından biri olan Nakkaş Baba Karakolu’na taşınmıştır. Bir dönem eğitim yapısı olarak da kullanılan bu bina, 1985 yılında onarım görmüş, 1989 yılında ise yıkılmıştır.

Kurum, çeşitli kayıtlara göre 1934 veya 1935 yılında günümüzde kullanılan Marko Paşa Köşkü’ne taşınmıştır. Köşkün ilk sahibi olan Marko Paşa, Osmanlı Devleti’nin hekimbaşılarından biri olup mirliva (tuğgeneral) rütbesine yükselen ilk hekim olarak bilinmektedir.

1935 yılında Maarif Vekâleti tarafından eğitim amaçlı kiralanan bina, ilerleyen yıllarda çeşitli dönemlerde kapsamlı onarımlardan geçirilmiştir. Yapının korunması ve eğitim hizmetlerinin sürdürülebilirliğinin sağlanması amacıyla farklı yıllarda bakım ve restorasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir.

Kurumda, 1966-1967 eğitim öğretim yılına kadar ilkokul ve ortaokul düzeyinde aynı bina içerisinde eğitim verilmiştir. 1967 yılında ortaokul bölümünün Beylerbeyi’ne taşınmasının ardından bina yalnızca ilkokul olarak kullanılmaya devam etmiştir. 1993-1994 eğitim öğretim yılından itibaren sekiz yıllık kesintisiz eğitim uygulaması kapsamında ilköğretim okulu statüsüne geçilmiştir.

2014-2015 eğitim öğretim yılında tekli eğitime geçilmiş ve kurum, Kuzguncuk İlkokulu adıyla eğitim faaliyetlerini sürdürmeye başlamıştır.

Kurum, 2025-2026 eğitim öğretim yılında 9 şube ve 209 öğrenci ile eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.