Okul, ismini Sultan II. Abdülhamit Devri'nin Bahriye Nazırlığını yapan Rasim Paşa'nın eşi Emine İkbal Hanım'dan almıştır. Emine İkbal Hanım tarafından semtimize ahşap küçük bir cami yaptırılmış, 1921 yılında bu caminin zemin katında bulunan iki odada Salih Hoca tarafından REHBER-İ İSTİKBAL adlı 3 sınıflı özel bir okul açılmıştır. 7 yıl devamlı öğretim yapan bu okul 1928 yılında kurucusu Salih Hoca tarafından Maarif'e devredilmiş ve bu tarihten itibaren resmi ilkokul olarak 47 öğrencisi ile öğretime devam ettirilmiştir. Okul maarife devredildikten sonra başöğretmenliğe atanan Hamdi YORULMAZ'ın devamlı gayret ve çabaları sonucu yine Emine İkbal Hanım tarafından bu cami yanında verilen 1300 metrekare arsa üzerine, vilayet bütçesinden 4 derslikli yeni bir okul yaptırılmıştır. Bu yeni ilkokul 1933-1934 öğretim yılında eğitime açılmıştır. İstanbul okulları numaralandırıldığı zaman okul Kadıköy 2. Okulu olarak adlandırılmış, numara usulü kaldırıldıktan sonra semtin adına izafeten okula İKBALİYE İLKOKULU adı verilmiştir. 1964-1965 öğretim yılında eski binanın ihtiyaca cevap vermemesi üzerine okul bahçesine bir bodrum kat üzerine iki katlı, kaloriferli, 6 derslikli yeni bir betonarme ek bina açılmıştır. 1983 yılından sonra öğrenci mevcudunda görülen hızlı artışlar sonucunda her iki binadaki derslik sayısı yetersiz kalmıştır. Ayrıca eski binanın soba ile ısıtılması, çekme katların sağlıksız oluşu, elektrik tesisatının tehlike arz etmesi hususları da bilinmektedir. Bu nedenle eski binanın yıkılarak yerine öğrenci mevcuduna göre ve çevre ihtiyaçlarına cevap verecek ek bir binanın yapımına karar verilmiştir. 1988 sonbaharında yıkılan bu binanın yerine betonarme, dört katlı, on iki derslikli, kaloriferli yeni bina kısa sürede tamamlanarak 1989-1990 öğretim yılında öğretime açılmıştır. 1995 yılında birbirinden ayrı olan bu iki bina ara bağlantı ile birleştirilmiştir. Daha zengin yeni iş-teknik atölyesi her şeyiyle modern yeni bir fen bilgisi laboratuvarı yapılmış, okulun tüm sınıflarına televizyon ve VCD-DVD alınarak eğitim-öğretimde yararlanılacak şekilde monte edilmiştir. Okul bahçesi düzenlenerek voleybol ve basketbol sahaları yapılmıştır. Ön ve arka bahçede çeşitli ağaçlandırma çalışmaları yapılmıştır. Müzik, spor ve bilgisayar odaları yapılmış, kütüphane ve düzenli çalışır hale getirilmiştir. Okulun dış cephesi boyatılarak bölgenin en temiz, düzenli ve eğitim öğretim kalitesi yüksek bir okul olması sağlanmıştır. 2013/2014 Eğitim-Öğretim Dönemi'nde okulumuz ortaokul olarak yapılandırılmış ve Kaptan Hasanpaşa İlköğretim Okulu'nun orta kısım öğrencileri de okulumuz bünyesine katılarak eğitime devam etmiştir. Aynı öğretim yılında 2013 Aralık ayında İstanbul Valiliği İsim Tahsis Komisyonu tarafından okulumuzun ismi İkbaliye Erdoğan YÜKSEL Ortaokulu olarak değiştirilmiştir. Fakat 2014-2015 Eğitim Öğretim dönemi itibariyle okulumuz İkbaliye Ortaokulu adıyla varlığını devam ettirmektedir.