Küplüce İlköğretim Okulu, Üsküdar ilçesine bağlı Küplüce Mahallesi’nde, İstanbul Boğazı’na hâkim bir konumda yer almaktadır. Kurumun arsası, mahalle sakinlerinden Mustafa Bey tarafından bağışlanmıştır.

Kurum, 1908 yılında eğitim öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Kuruluşunun 100. yılı, 2009 yılında düzenlenen çeşitli etkinliklerle anılmıştır. Yapılan araştırmalar sonucunda, Osmanlı Padişahı II. Abdülhamid’in okulun yapımı için maddi destekte bulunduğunu gösteren tarihî belgeye ulaşılmıştır.

İlk okul binası, alt bölümü yığma taş, üst bölümü ise ahşap olarak inşa edilmiştir. Uzun yıllar kullanılan yapının zaman içerisinde taşıyıcı özelliklerini kaybetmesi nedeniyle bina 1986 yılında yıkılmış, alt bölümü toplantı salonu olarak düzenlenmiştir.

1969-1970 yıllarında okul bahçesi içerisinde iki katlı yeni bir bina inşa edilerek eğitim öğretim faaliyetleri burada sürdürülmeye başlanmıştır. Artan ihtiyaçlar doğrultusunda 1983 yılında yine aynı yerleşke içerisinde üç katlı ve altı derslikli ek bina yapılmıştır. Söz konusu bina, 1987 yılında “Küplüce Ortaokulu” adıyla hizmete açılmıştır.

1991-1992 eğitim öğretim yılında kurum ilköğretim okuluna dönüştürülmüş, 1998-1999 eğitim öğretim yılında ise tekli eğitim sistemine geçilmiştir.