Kurumun kuruluşu Osmanlı Devleti’nin son dönemlerine, II. Abdülhamid devrine uzanmaktadır. 1901 yılında eğitim faaliyetlerine başlayan kurum, ilk olarak “Şeyhülislam Mahalle Mektebi”, daha sonra ise “Abdülbaki Camii Mahalle Mektebi” adıyla hizmet vermiştir.

1925 yılında eğitim faaliyetleri Sultantepe Korusu’nda bulunan Halide Edip Adıvar Köşkü’nde sürdürülmüş ve kurum bu dönemde “Üsküdar 24. Mektep” adıyla anılmıştır. Daha sonraki yıllarda Veli Paşa Köşkü’ne taşınan kurum, aynı adla eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmiştir.

1951-1952 eğitim öğretim yılında “Sultantepe İlkokulu” adını alan kurum, bir süre Cemalettin Bey Köşkü’nde hizmet vermiştir.

1953 yılında günümüzde ana bina olarak kullanılan yapı inşa edilmiş ve eğitim faaliyetleri bu binada sürdürülmeye başlanmıştır. 1968 yılında ek hizmet binasının tamamlanmasıyla birlikte eğitim öğretim faaliyetleri iki binada devam etmiştir.

Kurum, 1992-1993 eğitim öğretim yılında ilköğretim okuluna dönüştürülmüş; 2013 yılından itibaren ise ortaokul statüsünde hizmet vermeye başlamıştır.

Pandemi döneminde COVID-19 salgınıyla mücadelede görev yapan ve kurum mezunları arasında yer alan Prof. Dr. Cemil Taşçıoğlu’nun anısını yaşatmak amacıyla, 25 Haziran 2020 tarihinde kurumun adı “Sultantepe Prof. Dr. Cemil Taşçıoğlu Ortaokulu” olarak değiştirilmiştir.

Kurum yerleşkesi toplam 4.280 m² alan üzerinde yer almakta olup bunun 668 m²’si bina kullanım alanı, 3.612 m²’si ise bahçe alanı olarak kullanılmaktadır.