Şebinkarahisar İstiklal İlkokulu’nun kökeni, 1913-1914 (1329) tarihli Maarif Nezareti istatistiklerinde kaza merkezinde faaliyet gösterdiği kayıt altına alınan üç ilköğretim kurumundan biri olan Merkez İptidai Mektebi'ne dayanmaktadır. Osmanlı döneminden kalan bu eğitim kurumu, 1924 yılında Tevhid-i Tedrisat Kanunu'nun kabul edilmesiyle Şebinkarahisar Merkez Mektebi (Merkez İstiklal Mektebi) adıyla kurumlaşmıştır.

Uzun yıllar ilçe merkezindeki farklı binalarda hizmet veren okul, 1962 yılında bugünkü yerinde bulunan eski ortaokul binasına taşınmıştır. Zamanla yıpranan bu binanın 1971 yılında onarılması gündeme gelmiş, ancak fiziki durumunun yetersizliği nedeniyle yıkılarak yerine yeni bir bina yapılmasına karar verilmiştir. 1972'de başlayan inşaat süreci çeşitli aksaklıklar sebebiyle 1977 yılında tamamlanabilmiştir. İnşaatın devam ettiği bu beş yıllık sürede öğrenciler ilçe merkezindeki geçici binalarda eğitime devam etmiştir.

1977-1978 eğitim-öğretim yılında 12 derslikli ve 5 sınıflı yeni binasında faaliyete başlayan okul, 1995-1996 döneminde sekiz yıllık kesintisiz ilköğretim uygulamasına geçilmesiyle "İstiklal İlköğretim Okulu" adını almıştır. 1998 yılından itibaren artan öğrenci mevcudu nedeniyle bina yetersiz kalmış, bunun üzerine 2000 yılında okulun üst kısmındaki belediye arsası ek bina yapımı için kuruma tahsis edilmiştir. Başlangıçta dört derslik olarak planlanan ek bina, ihtiyaca binaen büyütülerek 12 derslik, fen laboratuvarı, kütüphane ve kapalı teneffüshane gibi alanları içerecek şekilde projelendirilmiştir. Aynı dönemde okul bahçesi düzenlenerek voleybol, basketbol ve mini futbol sahaları oluşturulmuştur. Ek bina 2002-2003 öğretim yılında hizmete girmiş, 1977 yapımı ana bina ise 2004 yılında genel onarımdan geçirilmiştir.

2012-2013 eğitim-öğretim yılında 4+4+4 sistemine geçilmesiyle kurum ilkokul ve ortaokul olarak ikiye ayrılmıştır. Bu süreçte İstiklal İlkokulu, İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü binasının arkasındaki eski Şebinkarahisar Lisesi binasına taşınarak 2017-2018 eğitim yılı sonuna kadar burada hizmet vermiştir. Okul, 2018-2019 eğitim-öğretim yılı başından itibaren yapımı tamamlanan kendi yeni hizmet binasına geçmiş olup, eğitim ve öğretim faaliyetlerini günümüzde de bu binada sürdürmektedir.