Okul, Cumhuriyet’in ilk yıllarında devlet tarafından 1932 yılında eğitim öğretime açılmıştır. Başlangıç dönemine ait kayıtlardan okulun ilk adının “İstanbul 36. Mektep” olduğu anlaşılmaktadır.

1948-1949 eğitim öğretim yılına ait diploma defterlerinde okulun adı “Eyüp Merkez 1. Okul” olarak geçmektedir.

İlerleyen yıllarda okulun adı “Eyüp Merkez İlkokulu” olarak değiştirilmiştir.

1997-1998 eğitim öğretim yılında gerçekleştirilen eğitim düzenlemeleri kapsamında okul, ilköğretim okuluna dönüştürülerek “Eyüpsultan Merkez İlköğretim Okulu” adını almıştır.

Daha sonraki süreçte okulun adı “Eyüpsultan Merkez Ortaokulu” olarak değiştirilmiş ve kurum günümüzde bu isimle eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.