1931 yılında Cumhuriyet öncesi bir medrese üzerine kurulan Malatya Lisesi, ortaokul olarak eğitim öğretime başlar. 1933 – 1934 eğitim öğretim yılında okulun bünyesinde lise açılmıştır. Lise binası bugünkü Atatürk Ortaokulu (Milli Eğitim Müdürlüğü) yerinde kâgirden yapılmış bir binadır. Bu bina bir ihmal yüzünden 23.04.1947 tarihinde tamamen yanmıştır.

            Bir yıl içerisinde eskiden Kışla Caddesi ile Kanalboyu Caddesinin kesişim noktasında bulunan ve bir dönem Milli Eğitim Müdürlüğü olarak kullanılan binası yapılmıştır. O günkü kapasitesi 700 – 800 öğrenciliktir. O güne kadar ki bilgiler elde edilememiştir. Ancak ilk yılında 17 öğretmen, 256 öğrenci ile öğretime başladığı bilinmektedir. Her yıl artan öğrenci sayısı karşısında bugün öğretim yaptığımız lise binası yapılmıştır. 1964–1965 yılında ve 26.09.1964 tarihinde Ortaokuldan ayrılarak “Turan Emeksiz Lisesi” olarak eğitim ve öğretimin hizmetine girmiştir. 1984–1985 öğretim yılında okulun ismi Milli Eğitim Bakanlığı tarafından “Malatya Lisesi” olarak değiştirilmiştir. Halen Malatya Lisesi olarak eğitim ve öğretime hizmet vermeye devam etmektedir.

            Okulumuz 2013-2014 öğretim yılından başlamak üzere “Anadolu Lisesi” statüsüne geçmiştir.

            Okulumuz 2019 – 2020 Eğitim – Öğretim Yılından itibaren Milli Eğitim Bakanlığının emriyle “Proje Okulu” statüsüne gelmiştir.