Okul, 1917 yılında İstanbul ili, İçerenköy’de bulunan Selver Paşa Köşkü’nde İlk Mektep olarak eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Eğitim faaliyetleri, Selver Paşa Köşkü’nde beş yıl süreyle devam etmiştir.

1922 yılında meydana gelen bulaşıcı hastalık sebebiyle okul karantinaya alınmış ve bir yıl süreyle eğitim-öğretime ara verilmiştir. 1923 yılında ise İçerenköy Mahallesi’nde günümüzde karakol olarak kullanılan binanın bulunduğu alana taşınarak eğitim faaliyetlerini burada sürdürmüştür.

Okul, sonraki yıllarda sırasıyla Kadıköy 16. İlkokulu ve İçerenköy İlkokulu adlarını almış; 1958 yılına kadar İçerenköy Mahallesi’ndeki söz konusu alanda eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmiştir.

1958 yılında mevcut eğitim alanına taşınan okulun adı, aynı yıl vefat eden Türk edebiyatının önemli şairlerinden Yahya Kemal Beyatlı’nın anısını yaşatmak amacıyla yapılan isim değişikliği sonucunda Yahya Kemal Beyatlı İlkokulu olarak değiştirilmiştir.

1981 yılında ek binanın hizmete açılmasıyla birlikte okul, iki müstakil binada eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmeye başlamıştır.

Sekiz yıllık zorunlu eğitim uygulaması kapsamında 6, 7 ve 8. sınıfların da eğitim kapsamına alınmasıyla okulun adı Yahya Kemal Beyatlı İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir.

2012-2013 eğitim-öğretim yılında uygulamaya geçirilen 4+4+4 eğitim sistemi doğrultusunda okulun adı Yahya Kemal Beyatlı Ortaokulu olarak yeniden düzenlenmiştir.

Okul hâlihazırda iki müstakil binasında eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmekte olup, geçmişten günümüze eğitim tarihindeki yerini koruyarak hizmet vermeye devam etmektedir.