1928 yılında Midyat İlkokulu olarak Eğitim-Öğretime başlayan okulumuzun yeri daha sonra Hastane olarak kullanılır. 1940’ta halen dört yolda kasaplar çarşısı ve kıraathane olarak kullanılmakta olan yerde eğitim öğretime devam edilir. Nüfusu gittikçe artan Midyat’ın ihtiyacını karşılayamayınca okulumuz, 1955 yılında hala kullanmakta olunan taş binasına taşınmış ve eğitim öğretime başlamıştır. Okulun ismi Atatürk İlkokulu olarak değiştirilmiştir. İlçede ilkokullarda okuyan öğrenci mevcudunun artmasıyla beraber ortaokul ihtiyacını da beraberinde getirmiştir. Bu ihtiyacı karşılamak amacıyla Atatürk İlkokulu’nun binasında öğleden sonra eğitim vermek üzere 1979 yılında Midyat Devrim Ortaokulu eğitim faaliyetine başlamıştır. Bu durum 1985 yılına kadar devam etmiştir. 1985 yılında yeni bir ortaokul inşaatına karar verilir. 1986 yılında buna bağlı olarak yapılan bina Mehmet Akif Ersoy Ortaokulu adıyla faaliyete girdi. Yetersiz olan bu iki binaya ek olarak 1992 yılında bir blok daha yapıldı. Zorunlu eğitimin 8 yıl olduğu bu dönemde üç blok şeklinde Atatürk İlköğretim Okulu olarak eğitim öğretime devam etmiştir. 2009–2010 eğitim öğretim yılında bahçede yapılan dördüncü bloktan sonra okulun iki bloğu Mustafa Kemal İlköğretim Okulu olarak ayrıldı. Diğer iki blokta Atatürk İlköğretim Okulu adıyla eğitim öğretim devam etmiş, 2012–2013 Eğitim-Öğretim yılında 4+4+4 (12 yıllık zorunlu eğitim) eğitim sisteminin uygulamasıyla kademeli olarak ortaokula (Atatürk Ortaokulu) dönüşmüş olup, 2013–2014 öğretim yılından beri bağımsız olarak “Atatürk Ortaokulu” ismiyle eğitim ve öğretime devam etmektedir.