Okul, eğitim hayatına ilk olarak 17 Ekim 1977 tarihinde Saray Mahallesi'nde kiralık ahşap bir binada başlamış, bina yetersiz kalınca 1979 yılında bitişikteki ikinci ahşap bina da kiralanmıştır. Aynı yıl, okulun Yaptırma Yaşatma Koruma ve Onarma Derneği tarafından halen kullanılmakta olan yeni binanın inşasına başlanmış ve bu binada eğitim-öğretime 1980-    1981 döneminde başlanırken, aynı yıl Lise kısmı da açılmıştır.

  Yeni bina 1981 sonunda tamamlanmış, 1995 yılında ise artan ihtiyaca karşılık ek bina inşaatına başlanmıştır. Daha yakın tarihte ise Gümüşhacıköy İmam-Hatip Ortaokulu 2012-2013 eğitim-öğretim yılında Lise binası bünyesinde açılmış, 2013-2014'te ayrı bir binaya taşınmış ve son olarak 2024-2025 eğitim-öğretim yılı 1. dönem sonu itibarıyla Ortaokul kısmı, halen eğitim öğretime devam edilen taş binadaki ana bünyeye katılmıştır.