Okulumuz adını Sinekçi Köyü’nden almaktadır. (Sinekçi İlkokulu, Sinekçi Ortaokulu, Sinekçi İlköğretim Okulu) Okulumuzun ilk açıldığı yıl 1936´dır. İlkokul olarak açılan bu bina eskiyip kullanılamaz duruma gelince 1969 yılında köy kıyısında 600 metrekarelik bir hazine arazisine yeni ilkokul binası yapılır. Ancak bu bina, eksik malzeme kullanımı nedeniyle kullanılamaz-oturulamaz raporuyla yıkılır.1975 yılında aynı bahçe içine beş derslikli yeni bir bina yapılır (A Blok).1936 yılında yapılmış olan köy içindeki eski İlkokul binasının çatısı onarılarak 1975 yılında Sinekçi Ortaokulu açılır. Bu eski binaya , 1983 yılı Temmuz ayında Biga ve çevresinde meydana gelen deprem nedeniyle duvarları çatlayınca, oturulamaz raporu verilir. Bunun üzerine 1984 yılında Ortaokul İlkokul binasına taşınır ve iki okulda 1989 yılına kadar birlikte eğitim-öğretim yapılır. 1989 yılında İlkokul bahçesine Milli Eğitim Bakanlığı tarafından yeni bir bina yapılır (B Blok). Ortaokul 01.01.1989 tarihinde bu binaya taşınır. Aynı bahçe içinde İlkokul ve Ortaokul olur. 
1990 yılı Temmuz´da ise Milli Eğitim Bakanlığı Onayı ile Sinekçi İlkokulu ve Sinekçi Ortaokulu birleştirilerek Sinekçi İlköğretim Okulu olmuştur.1990-1991 öğretim yılından itibaren İlköğretim Okulu olarak hizmet vermiştir. 2014-2015 eğitm öğretim yılından itibaren ise okulunuz sadece ilkokul olarak hizmet vermektedir.1991 Yılında aynı bahçeye atölye derslikli bir bina daha yapılır.( C Blok). Bu bina dört derslikten oluşmaktadır. 01.01.1992 yılından itibaren kullanıma açılan bu bina, 1997-1998 Eğitim – Öğretim yılı başından itibaren çok amaçlı olarak kullanılmaya başlanmıştır. 
Sinekçi İlkokulu aynı bahçe içinde dört ayrı binadan oluşmaktadır. Bunlar; ”B”Blok , “C” Blok ve “D” Blok olarak adlandırılmışlardır.”B” Blok binasında beş derslik iki küçük oda ve “C” Blok binasında iki derslik, bir öğretmenler odası, bir müdür odası, bir müdür yardımcısı odası ve Wc ler bulunmaktadır. ”D” blok ise çok amaçlı salon ve kazan dairesinden oluşmaktadır. 
2003 yılında okul bahçesine Milli Eğitim ve Çevre katkısıyla çok amaçlı salon ile okul binalarının hepsine kalorifer tesisatı döşenerek ısınma şekli sobalıdan kaloriferliye dönüştürülmüştür. Okulun bahçesinde basketbol ve voleybol sahaları vardır. Ayrıca uygulama bahçesi, öğrenci tuvaletleri, kanalizasyon teşkilatı, elektriği ve su şebekesi olup okul çevresi ihata duvarı ile çevrilmiştir. 2006 yılından itibaren yerel imkanlarla projeksiyon cihazları alınarak sunum odası kazandırılan okulumuzda, 6 adet projeksiyon cihazı, çeşitli tip yazıcılar, fotokopi makinesi, derslerde kullanılmak üzere deney malzemeleri, mikroskoplar, tepegözler ve her derslikte bulunmakta olup, eğitim teknolojisinin hemen her derste kullanıldığı çağdaş bir eğitim- öğretim verilmeye gayret edilmektedir.