1892'de Muğla İdadisi olarak eğitim öğretime başlayan okulumuz öğrenimini ilk önce Konakaltı semtinde bulunan Zorbazade Hacı Şerif Ağa'nın evinde daha sonra da Devlet Hastanesinin yıkılan eski binasında yapmıştır. 1921'de Kız Numune Okulu olarak faaliyete devam etmiştir. 1928'de 2 numaralı mektep ismini almış ve bu isim 1948'de kaldırılıp İnönü İlkokulu olmuş ve 1952'de de Muğla'nın değerli bilim adamlarından Hoca Mustafa Efendi'nin adı verilerek Kocamustafendi İlkokulu adını almıştır. Okulun adındaki ‘Koca’ kelimesi onun yüceliğini belirtir. Okul 19 Aralık 1958'de bir yangın tehlikesi geçirmiş ve 1959'da büyük tamirat ve tadilat yapılmıştır. 1977'de okul müdürü 1925,57 metrekarelik oyun alanını okula kazandırmıştır. 1984'te Milli Eğitim Müdürlüğünce okul binası büyük onarımdan geçirilmiş ve bugünkü görünümüne kavuşmuştur. 1990 yılında ikinci binanın temeli atılmış olup 1991 yılında da eğitim öğretime hazır hale getirilmiştir.