Adını Ali Ağa ismindeki bir kişinin çiftliğinden alan Aliağa'nın kuruluşu ile Atatürk İlkokulu’nun tarihçesi arasında yakın bağlantı vardır. 

Yaklaşık 165 yıl önce yörenin Maliki olan Ali Ağa yörede bir devlet görevlisinin öldürülmesi suçu ile suçlanarak idam talebiyle yargılanırken İstanbul'da sarayın nüfuslu bir kişisi olan Anestedi veya Anestedi’nin oğlu Edward ile tanışır ve kendisinin bu cezadan kurtulması için yardım ister. Baltacı namıyla anılan Edward Ali Ağa'ya çiftliğine karşılık olarak yardım edebileceğiniz söyler ve Ali Ağa’yı ölüm cezasından kurtarır. Ali Ağa kendini adını yaşatmak şartıyla çiftliğini Baltacı Edward'a verir.

Anestedi devrim padişahı olan Abdülaziz'i (II.Abdülhamit) çiftliğine davet eder, kendisini ağırlamak amacıyla çiftliğine 1876 yılında 12.000 metrekare alanında bir bahçe içine 3 katlı güzel bir malikane yaptırır. Aliağa’nın ilk yapısı olan 1922 yılında körfezden kıyıya top ateşini tutan İngiliz Savaş gemilerinden atılan top mermerlerinden isabet alan, konağın 3 katı, ağır hasar alır. 

1917 - 1924 tarihleri arasında yörede yaşayan Rumlarla Yunanistan’daki Türklerin değişimi sırasında köy tüzel kişiliği kazanan Aliağa’daki bu yapı, 1933 yılında zamanın İzmir Valisi Kazım Dirik Paşa tarafından 3 katı yıktırılarak ilkokul olarak hizmete açılır.  

1937 yılında Bucak olan Aliağa’nın tek okulu Aliağa İlkokulu, 1969 yılında ikinci bir okulun açılması ile Aliağa Atatürk İlkokulu adını almıştır.