Yunus Emre İlkokulu 1967-1968 öğretim yılı,20 Eylül 1967 tarihinde eğitim öğretime başlamıştır. Okulun eğitim öğretime başladığı yıl her 3 sınıfa da öğrenci (Nevşehir Lisesindeki ortaokul öğrencilerinin bir kısmı ) alınmıştır. Okulun ilk adı Merkez Ortaokuludur. Okul hazineye ait bir arsa üzerinde kurulmuş 12 derslikli tip projedir. İntifa hakkı Milli Eğitim Bakanlığına aittir. Okulun açılışı Nevşehir Valisi Nüzhet Ernan tarafından yapılmıştır. Merkez Ortaokulu bağımsız ortaokul olarak eğitime hizmet verirken 1982-1983 öğretim yılı Kasım ayında Türkiye’de Temel Eğitim Uygulamasına pilot okul olarak seçilmiş ve Temel Eğitim Okulu şeklinde adı değiştirilmiştir. 30 Ağustos İlkokulu bu okulun birinci devresi şeklinde planlanmıştır.

Bir yönetim altında bulunan ama aralarında 2590 m. mesafe bulunan bu iki ayrı yerdeki ilk ve ortaokulun birbirine çok uzak oluşları birçok aksaklıklara sebep olduğundan daha sonra okulun bünyesine ilkokul alınmasına karar verilmiş ve böylece 30 Ağustos İlkokulu bağımsız ilkokula çevrilmiş Merkez Temel Eğitim Okulu kendi bünyesindeki ilkokula öğrenci alarak eğitim ve öğretimini sürdürmüştür. Okulun binası kifayet etmediğinden 1985 yılında aynı bina üstüne 8 derslikli bir kat ilavesi yapılmış, ayrıca teknik heyetin bilgi belgeleri sonunda birinci kattaki sınıflar içinde tadilat yapılarak işlik şekline dönüştürülmüşlerdir.

1984-1985 Öğretim yılında Temel Eğitim Genel Müdürlüğünün adı İlköğretim Genel Müdürlüğü olarak değiştiğinden okulun ismi de Merkez İlköğretim Okulu şeklinde değiştirilmiştir.1990-1991 Öğretim yılı başında Nevşehir Valiliğinin emirleriyle (il içinde okullara öğrencileri yerleştirme komitesinin tavsiyeleri üzerine) okulun bünyesinde bulunan ilkokulun müstakil bir binada eğitime devam etmesi, ortaokulun bağımsız hale getirilmesi kararlaştırılmış ve 13.09.1990 tarih ve 311/11622 sayılı emirle bağımsız ortaokula dönüştürülmüştür.1991 yılının Unesco tarafından tüm dünyada “Yunus Emre Sevgi ve Barış Yılı” olarak ilan edilmesi münasebetiyle ülkemizde her ilde bir okula Yunus Emre İsminin verilmesi kararlaştırılmış bu nedenle okulun adı Yunus Emre Ortaokulu olarak değiştirilmiştir. Bir sonraki yıl okulun ilköğretim okulu olması nedeniyle Yunus Emre İlköğretim Okulu adını almıştır.2013 yılından beri Yunus Emre İlkokulu olarak eğitime devam etmektedir