Kurum, 1909 yılında bugünkü Deniz Lisesi lojmanlarının bulunduğu yerde, tek odalı ahşap bir binada “Hürriyet Mektebi” adıyla açılmıştır. Daha sonra Bristol Oteli’ne taşınan okulun adı “Orhan Gazi Numune Mektebi” olarak değiştirilmiştir.

16 Mart 1920’de İstanbul’un işgal edilmesinin ardından okul bir süre kapalı kalmıştır. Ancak eğitim faaliyetleri, 1923 yılına kadar Hamit Naci Ödeş ile Abbas Paşa’nın evlerinde sürdürülmüştür.

Okul, 1923 yılında “Orhan Gazi İlkokulu” adını almış ve günümüzde kütüphane olarak kullanılan ahşap binaya taşınmıştır. 1967 yılında ise bugünkü yerine taşınarak “Heybeliada İlkokulu” adını almıştır.

1992 yılında sekiz yıllık kesintisiz eğitim uygulaması kapsamında okulun adı “Heybeliada İlköğretim Okulu” olarak değiştirilmiştir. Günümüzde ise yeni yapılan binasında “Heybeliada İlkokulu” adıyla eğitim ve öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.