Okulumuz 1956 yılında yapılmış olup Alaybey Şehitler   İlköğretim okulu olarak  eğitim –öğretime açılmıştır.

     1984-1985 Öğretim yılı sonuna kadar Alaybey Şehitler ilkokulu olarak Eğitim  öğretim faaliyetini sürdürmüştür.

     Manisa İl Milli Eğitim Gençlik ve Spor Müdürlüğü Danışma Kurulunun  30/07/1986 tarih ve 32 nolu  kararı ve Milli Eğitim Gençlik ve Spor Bakanlığı İlköğretim Genel Müdürlüğünün 25/07/1986 tarih ve 18425 sayılı yazıları ekinde gönderilen  21/07/1986 tarih ve 17974 sayılı Bakanlık onayı ile 1986 -1987 Öğretim Yılında  Şehzadeliğinde Fatih Sultan Mehmet' in hocalığını yapan ,İstanbul'un manevi fatihi sayılan  Türk Tasavvuf ve bilgini AKŞEMSEDDİN' in adı verilmek suretiyle AKŞEMSEDDİN ORTAOKULU olarak açılmıştır.

        Toplam 6 derslikte 9 yıl süreyle Eğitim- Öğretim faaliyetlerini sürdüren  okulumuz aynı bahçede  yer alan Atatürk İlkokulu ile  birleşerek 1995-1996 Eğitim Öğretim yılında  Akşemseddin  İlköğretim okulu olarak isim değişmiştir. 2000-2001 Eğitim –Öğretim yılında  Vakıflar orta öğrenim öğrenci yurdu olarak kullanılan  Manisa valiliği sosyal yardımlaşma vakfına ait öğrenci yurdunun okulumuza devredilmesi dolayısıyla  Akşemseddin Pansiyonlu İlköğretim Okulu olarak Eğitim- Öğretime devam eden  okulumuz 2005-2006 Eğitim Öğretim yılında  Bakanlığımızın aldığı kararla  Akşemseddin  Yatılı İlköğretim Bölge okulu olarak yeniden isim değiştirmiştir.2012-2013 Eğitim Öğretim yılında Bakanlığımızın aldığı kararla 4+4+4 eğitim sistemine geçildiğinden, aynı bahçe içerisinde bulunan B blok binamızın ilkokula dönüştürülmesiyle okulumuz İlkokul ve ortaokul olarak ayrılarak Akşemseddin Yatılı Bölge Ortaokulu devam etti. Milli Eğitim Bakanlığı Temel Eğitim Genel Müdürlüğünün 15/08/2014 tarihli ve 10230228/105.01/3407495 sayılı makam onayı ile okulun adı, şu an ki ismi olan Akşemseddin Ortaokulu olarak değişmiştir.  Halen aynı isimle eğitim öğretimine devam etmektedir.