Okul, Göynücek ilçe merkezinde 1920 yılında "Mahalle Mektebi"olarak eğitim-öğretim faaliyetine başlamıştır. 1924 yılında, ülkemizde yeni açılan "Cumhuriyet Okulları" arasına katılmıştır. İlçemizin ilk ve tek okulu olarak 1993 yılına kadar uzunca bir süre faaliyetini sürdürmüştür. 

1993-1994 eğitim öğretim yılında ilköğretim okuluna dönüştürülerek "Göynücek Atatürk İlköğretim Okulu" adını almıştır. 2012-2013 eğitim öğretim yılından itibaren ise "Göynücek Atatürk İlkokulu" adını alarak, halen bu isimle eğitim- öğretime devam edilmektedir.