1851 yılında ilk defa Merzifon'a keşif için gelen bir Amerikalı misyoner tarafından temelleri atılan anlayış. Merzifon'daki Protestan sayısında ciddi artış sağlamıştır. Bu gelişmelerin paralelinde: dönemin şartlarına göre büyük ve konforlu bir hastanesi, kız ve erkeklere ait modern okulu. zengin kütüphanesi, müzesi, eczanesi. laboratuvarı, marangoz atölyesi, sineması ve rasathanesi olan küçük bir kampüs şehir oluşturulmuştur. (Okul, New England tarzı kırkın üzerinde binadan oluşturulmuştur.) Bina: İstanbul Bebek'te bulunan Amerikan Koleji'nin genel eğitime geçip ilahiyat eğitimini sonlandırması sonrası, bu ihtiyacı karşılamak gayesiyle ilahiyat okulu olmak üzere 1864 yılında kurulmuştur.

 İlk etapta okul: Anadolu'da yaşayan, din adamı olmak isteyen Yunan ve Ermeni Osmanlı vatandaşlarına eğitim vermiştir. 1886 yılında genç insanların genel eğitim istemesi üzerine ilahiyat okulu eğitimini, 4 yıllık laik kolej eğitimini de kapsayacak şekilde genişletmiş ve Anadolu Koleji ismini almıştır. Osmanlı Devleti'nin 1918 yılında fiilen sona ermesi ile Amerikan misyonerlerinin faaliyetleri de sona ermiştir. 1919 senesinde yalnızca kız öğrencilere ilkokul eğitimi vermek üzere tekrar açılan okul 1923-1924 senesinde yine kapatılır.

 1936-1937 yıllarında lise dengi eğitim vermek üzere açılan okul, 1938 senesinde kapatılmıştır. Bir süre 8. Kolordu Merkezi olarak kullanılmış. 1950-1962 yılları arasında Kara Astsubay Hazırlama Okulu'na tahsis edilmiştir. Uzunca bir süre kaderine terkedilen ve çürümeye bırakılan bina: Merzifon Belediyesi mülkiyetinde iken 2005 yılında Kara Mustafa Paşa İlköğretim Okulu ile takas edilerek Bilişim Lisesi yapılmak üzere Milli Eğitim Bakanlığı'na tahsis edilmiştir. 2007 yılımda restorasyon ve güçlendirme projeleri hazırlanmış. 2008 yılında ihale edilip 2010 yılında bitirilerek geçici kabulü yapılmıştır.

 2011-2012 ders yılında eğitim-öğretime başlamak üzere Merzifon Fen Lisesi'nin açılması Bakanlığımız Ortaöğretim Genel Müdürlüğü'nün 18.01.2011 tarih ve 346 sayılı onayı ile uygun görülmüştür. Açılışı 4 Mayıs 2011 tarihinde Başbakanımız Sayın Recep Tayyip Erdoğan'ın katılımıyla gerçekleşen açılışın ardından Merzifon Fen Lisesi 7,678 m2 arsa alanı. 3.250.04 m2 kapalı alanıyla 3 şubede 78 öğrenci ile eğitim-öğretime başlamıştır.