Okulumuz ilk olarak Dinkçiler M Uzundöşeme sokakta yer alan binada 1908 yılında Balıkesir Mutasarrıfı Mehmet Ali Avni Bey tarafından yaptırılmıştır. Okula, bahçesinde çok miktarda gül çiçekleri bulunduğundan Güllü Okulu adı verilmiştir. Cumhuriyetimizin ilanına kadar Güllü Okulu adı ile öğretim yapan okula, cumhuriyetimizin ilanından sonda İl Genel Meclisinin kararı ile vatan ve hürriyet şairi Mutasarrıf Namık Kemal adı verilmiştir. 1948 yılında 5 dershaneli ve iki katlı hale gelmiştir. Bir süre bu şekilde eğitime devam edilmiştir. İhtiyaca yeterli gelmeyen ve çok eski hale gelen okul binası yıkılarak 1968 yılında dönemin valisi Fahrettin AKBULUT'un gayret ve yardımları ile iki katlı ve 11 dershaneli olarak tekrar yapılmıştır. 

2020 yılında Balıkesir Valiliğinin kararı ile Depreme dayanıksız olduğu için bina boşaltılmış, Karesi Ortaokulu binasında eğitim öğretime devam edilmiştir.

2023 yılı Ekim ayında bu binaya da yıkım kararı çıkmış ve eğitim öğretime Yunus Emre Ortaokulu binasında devam edilmektedir.