Okulumuzun,  bugün ek bina olarak kullanılan binası 1935 yılına kadar İlkokul olarak  kullanılmış bir ara halkevi olarak da hizmet vermiştir. 1953 yılında muhtelif  gayeli ortaokul olarak hizmete açılmıştır. Burayı kimin yaptığı bilinmemekle  beraber, İlçemizde kurşun madenini 1935 yılına kadar çalıştıran Fransızlar  tarafından yapıldığı sanılmaktadır. Bina günümüze kadar 2 kez yandığından eski  özelliklerinden hiç birisi günümüze kadar gelememiştir. Bu ek bina  yanına inşaatına 1957 yılında başlanan ve 1960 yılında bitirilen, bugün ana  öğretim binası olarak yapılan bina o zamanın Balya Kaymakamı Necat TUNÇSİPER'in  önderliğiyle halk tarafından yapılmıştır. Bu binanın muhtelif gayeli ortaokulu  olarak hizmet vermeye başlamasından sonra ilk bina öğrenci pansiyonu olarak  kullanılmış, bu durum 1978 yılına kadar devam etmiştir.     Okulumuz 1973  yılından itibaren her iki bina Balya Lisesi adıyla faaliyete geçmiştir.     Okulun ismi  1981 yılında Atatürk'ün 100. doğum yılı nedeniyle Balya Kaymakamlığının teklifi  bakanlığımızın onayı ile Atatürk Lisesi olarak değiştirilmiştir.     Okulumuz  1994-1995 Öğretim yılından itibaren Çok Programlı Lise olarak hizmet  vermektedir. Pansiyon olarak eski Zübeyde Hanım İlköğretim Okulu tamiratı  yapılarak 2001-2002 Öğretim yılı Şubat döneminden itibaren kullanılmaktadır.