1879 yılında Rumlar tarafından okul olarak yaptırılmıştır.

Daha sonra Balıkçı Okulu olarak kullanılmıştır. 1915 -1918 yılları arasında "Erdek Menzil Hastanesi" adı ile hastane olarak kullanılmıştır.

Çanakkale Savaşları´nda yaralılar gemilerle Erdek´e getirilerek burada tedavi edilmişlerdir. 1923 yılından itibaren Muhtelit Mektebi (karma mektep) olarak eğitim-öğretime başlamıştır.

Daha sonraki yıllarda (1930´lu yıllarda), Merkez İlkokulu adını alan okulumuz, 1962 yılından sonra Atatürk İlkokulu adını almıştır.

Okulumuz 1983 yılında yaşanan depremden sonra boşaltılmış, 1985-1986 yıllarında onarılarak 1987 yılında yeniden hizmete girmiştir.

Okulumuz bu yıllarda geçici olarak 18 Eylül İlkokulu´nda (Devrim İlkokulu) ve Erdek Lisesi binasında hizmet vermiştir.

Okulumuzdan bugüne kadar 5041 öğrenci mezun olmuştur. Bunların arasında birçok memur, öğretmen, mühendis, doktor, subay ve yönetici çıkarak ülkemize hizmet etmişlerdir.

Okulumuz Ağustos 1997´de 4306 sayılı yasa kapsamında ilköğretim okulu olarak Atatürk İlköğretim Okulu adını almıştır.

Okulumuzun yeni binasına 5,6,7 ve 8.sınıf öğrencileri 2005 yılında; anasınıfları da dahil olmak üzere 1,2 ve 3.4. sınıflar 2009-2010 eğitim-öğretim yılında taşınmışlardır.

2012 yılında yürürlüğe giren 6287 sayılı kanun çerçevesinde okulumuz ilkokul olarak hizmet vermektedir. İlkokul binası 2009 yılında hizmete girmiş olup 12 derslikli bir binadır.