Okulumuz 1864 yılında Gemlik’teki Rumlar tarafından Kız Okulu olarak inşa edilmiş ve 58 yıl ilkokul olarak hizmet vermiştir.

1922 yılı Kurtuluş Savaşı sonunda Gazi Okulu olarak değiştirilmiştir. 1922'de ki Kurtuluş Savaşını ve Mübadele sonrası yaşanan süreçlerin de canlı şahidi oldu. 1923 yılında pansiyonlu bölge okulu olarak kullanılmış ve 1933 yılında Mustafa Kemal İlkokulu adını almıştır.

1938'de “Birinci Okul”, 1949'da da “Atatürk İlkokulu” adını alan tarihi bina, 1983 yılında yeni bina yapımı ile birlikte iki bina da kullanılmaya başlandı.

Eski binanın 1994 yılında ve 1998 yılında iki kez yangın geçirmesinin ardından, tarihî bina kullanılamaz hâle geldi. Sadece yeni bina ikili öğretim şeklinde kullanılmaya başlandı. 8 yıllık kesintisiz eğitim sistemi ile 1997 yılında Atatürk İlköğretim Okulu adını aldı.

Gemlik Belediyesi 2006 yılında tarihî binanın yeniden yapımını projelendirdi. 2011 yılında yeniden yapılan tarihî bina hizmete girdi ve iki bina yeniden tekli öğretim şeklinde kullanılmaya başlandı.

2012 yılında 4+4+4 eğitim sistemine geçilmesi ile birlikte okulumuz bağımsız ilkokula dönüştü ve Atatürk İlkokulu adını yeniden aldı.