Okulumuz 1945 yılında mevcut bahçemizin yol kenarına dayalı sol köşesinde üç derslikli kerpiç bir binada eğitim öğretime başlamış olup, eğitim öğretime başladığı ilk yıllar ile ilgili kesin bir bilgiye ulaşılamamaktadır. 1986 yılına kadar bu binada eğitim veren okulumuz çok eski olması, tarihi ve kültürel bir değeri olmaması nedeniyle yıkılmış ve yerine tek katlı iki derslikli şu an yemekhane ve toplantı salonu olarak kullanılan binada İSAÖREN İLKOKULU olarak eğitim vermeye başlamıştır.  1997-1998 eğitim öğretim yılında sekiz yıllık kesintisiz eğitime geçilmesi nedeniyle ile eski bina yetersiz gelmeye başlamıştır.  Bahçenin üst tarafındaki alana bugün de kullanılmaya devam edilen mevcut binamız 1998 yılında üç katlı 12 derslikli olarak inşa edilmiş ve İSAÖREN İLKÖĞRETİM OKULU olarak eğitime başlanmıştır. , 2014 yılındaki değişim ile aynı binada İSAÖREN İLKOKULU, İSAÖREN ORTAOKULU ve İSAÖREN İMAM HATİP ORTAOKULU olarak eğitim öğretim hizmeti vermeye devam başlamıştır.  2021-2022 eğitim öğretim yılında aynı binada eğitim veren İSAÖREN İMAM HATİP ORTOKULU öğrenci yetersizliği nedeniyle kapatılmıştır.
Günümüzde aynı bina her düzeyden bir şube ile anasınıfı dâhil beş derslikle İSAÖREN İLKOKULU, yine her düzeyde bir şube ile dört derslikte İSAÖREN ORTAOKULU olarak bir Fen Laboratuvarı ve bir kütüphane ile eğitim öğretime devam etmektedir.