Bugünkü okul binasının yeri kabristan idi. Buraya 1328 (1912) yılında okul yapılmak üzere temeli atılarak, üç metre kadar duvarlar yükseldi. Balkan Savaşı'nın çıkması ile inşaat bırakıldı. Birinci Dünya Savaşı müddetince yapılamamıştır. Cumhuriyetin ilanından sonra 1931 yılında tedrisata açıldı.

Okulun adı Meşrutiyet zamanında (Hanya Ana İnans) Mektebi olup, Erdoğdu Mahallesi Eski Su Sokağında Hoca Ali Camii yanındaki binada idi. Sonra Merkez İnans Mektebi adını aldı. O zaman kendisine mülhak bir de Ana Mektebi vardı. Mudanya Mütarekesini müteakip İsmet Paşa  Kız Mektebi adı verildi. Mütareke Binasına nakledildi. Muhtelit tedrisat başlayınca, İsmet Paşa Mektebi adını aldı. 1939-1949 yılından beri de 12 Eylül İlköğretim Okulu ismi ile tedrisata devam edilmektedir. Bu okul mahalle ve sıbyan mektebi ve tek öğretmenli iken, Mahalli Maarif Cemiyetinin idaresi altında iki öğretmenli bir kız mektebi oldu. Son kanuna göre, beş sınıflı ilkokul olarak, tedrisat yapmaktadır. Bugünkü okul binasının tedrisata başladığı tarihten bugüne kadar birçok mezun vermiştir.