1937 yılında Ağaköy İlkokulu eğitim öğretime başlamıştır. Okul 1937 yılında Ağaköylüler tarafından inşa edilmiştir. Bir büyük derslik, öğretmenler odası, salon ve depo halinde olan bina, ihtiyaç üzerine restore edilerek öğretmenler odası, derslik, tekrar ihtiyaç üzerine salon bölünerek derslik yapılmıştır. 
Okula 1977 yılında ek bina yapılmıştır.1979 Yılında Ağaköy Ortaokulu Eğitim – öğretime başlamıştır.23.07.1991 tarihli bakanlık onayı ile 26.08.1991 tarihinden itibaren Ağaköy ilkokulu ile Ağaköy Ortaokulu birleşerek Ağaköy İlköğretim Okulu olarak eğitim – öğretime devam etmiştir. 
1999 Depreminden sonra verilen oturulamaz raporu ile okul binaları boşaltılmış olup yeni bina yapılana kadar 3 yıl eğitim – öğretime köy konağında devam edilmiştir. Yeni okul binası 2002 yılında bitirilerek hizmete açılmıştır ve halen bu binada eğitim – öğretim sürdürülmektedir.
14/06/2012 tarihinde okulumuz Ağaköy İlkokulu ve Ağaköy Ortaokulu olarak ikiye ayrılmıştır. 2016 Eylül ayında Ortaokul Balıklıçeşme Ortaokuluna taşınarak sadece ilkokul olarak eğitim öğretime devam etmektedir.