Tarihi süreç değerlendirildiğinde, Refahiye yeni kurulan bir ilçe denilebilir. 1882 yılında Gercanis adıyla bugünkü Günyüzü Köyü'nde, Erzincan Sancağı'na bağlı olarak kurulmuştur. Gercanis, o zamana kadar Osmanlı devletinin Refahiye Sancağı'na bağlı nahiye olarak idari statüsünü sürdürmüştür. Çaldıran Savaşı'ndan(1514) sonra Osmanlı devlet yönetimine geçen Refahiye'nin idari statüsünde düzenlemeler yapılmış, yeni düzenlemeyle Refahiye sancak yapılarak on iki nahiyeye ayrılmıştır. Bu nahiyelerden biri de Gercanis'dir. Osmanlı Devleti zamanında nahiyenin idari statüsü, Cumhuriyet dönemindeki idari statüden farklıydı. Osmanlı Devleti zamanında nahiye, doğal engellerin sınırladığı köyler topluluğunun oluşturduğu coğrafi bölgeye denirdi. Bu bölgeler adlandırılırken bölgelerin coğrafi özellikleri ve başka kriterler göz önünde bulundurulurdu. Bugünkü Refahiye'nin içinde bulunduğu Bolkar Çayı ve Kocaçay havzalarının suladığı coğrafi bölgeye Gercanis adının verilmesindeki belirleyici kriter muhtemelen, bölgede bu adla anılan bir köyün bulunmuş olmasıdır. Refahiye, tarihte önemli yaşam merkezi olmadığından, hakkında yazılı kaynaklarda fazla bilgi bulunmaz. Arazi yapısı ve iklimi, insanların kalabalık Şekilde Şehir kurmasına elverişli değildir. Daha çok az sayıda kişinin yaşadığı küçük yerleşim alanları, köyler kurulmuştur. Osmanlı-Safevi devletleri arsında yapılan savaş sonrasında, Osmanlı Devleti yönetimine geçen bölge hakkında sağlıklı bilgiyi, daha sonraki zamanlarda tutulan devlet kayıtlarından öğrenebiliriz. Safevi devletinin kışkırtmaları sonucu Anadolu'da başlayan isyanlar, özellikle Tokat, Amasya, Sivas ve Erzincan yörelerinde büyük sıkıntılara sebep olan Nur Ali Halife'nin başlattığı ayaklanmadan Refahiye yöresi de etkilenmiştir. İsyanlar bastırıldıktan sonra Osmanlı Devleti hakimiyetine geçen bölgede yapılan 1516-1518 tarihli tahrirlerde, bütün köylerin boşaltıldığı ve harap olduğu belirtilmektedir. İlçenin ilk ismi “Gercanis”, Erzincan Mutasarrıfı Şefik Paşa'nın girişimiyle “huzur veren yer” anlamında Refahiye olarak değiştirilmiştir. İsim değişikliğinin tarihi hakkında kaynaklarda farklı yorumlar vardır. Gercanis kaza statüsü kazanmadan önce nahiye iken adı Refahiye olarak değiştirilmiştir. Refahiye'nin Osmanlı devlet yazışmalarında nahiye olarak zikredildiği görülür. Gercanis, Refahiye Sancağı'na bağlı nahiye iken 1881 idari statüsünde yapılan değişiklikle kaza yapılmış ve Erzincan Sancağı'na bağlanmıştır. Bu değişiklikle birlikte Gercanis (Merkez Nahiye), Melikşerif (Yurtbaşı), Altkendi (Altköy), Salur, Zevker (Çatalçam), Kaziviran, Kırış ve Kerer Köyleri nahiye yapılmıştır. Adı geçen nahiyeler ve bu nahiyelere bağlı 144 adet köy, Gercanis kazasının idari yönden alt birimlerini oluşturmuştur. Gelinen son durumda ilçeye bağlı 121 köy ve 73 mezra bulunmaktadır.