Heybeliada Ortaokulu, 1909 yılında, günümüzde Deniz Lisesi lojmanlarının bulunduğu yerde, tek odalı ahşap bir binada Hürriyet Mektebi adıyla eğitim öğretime başlamıştır. Daha sonra Bristol Oteli’ne taşınan okul, Orhan Gazi Numune Mektebi adını almıştır.

16 Mart 1920 tarihinde İstanbul’un işgal edilmesinin ardından okul bir süre kapatılmış, eğitim faaliyetlerine 1923 yılına kadar Hamit Naci Ödeş ve Abbas Paşa’nın evlerinde devam edilmiştir.

1923 yılında okulun adı Orhan Gazi İlkokulu olarak değiştirilmiş ve günümüzde kütüphane olarak kullanılan ahşap binaya taşınmıştır.

1967 yılında okul, bugünkü yerine taşınmış ve Heybeliada İlkokulu adını almıştır. 1997 yılında, sekiz yıllık zorunlu eğitim uygulaması kapsamında okulun adı Heybeliada İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir.

Okulun yeni binası 2007 yılında yapılmış ve 2012-2013 eğitim öğretim yılından itibaren okul, Heybeliada Ortaokulu adıyla eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmeye başlamıştır.

Günümüzde Heybeliada Ortaokulu, İstanbul’un Adalar ilçesine bağlı Heybeliada’da eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.