Okul, İstanbul ili Ataşehir ilçesi Küçükbakkalköy Mahallesi, Kocaceviz mevkii 6 pafta 17 parsel üzerinde bulunan yaklaşık 4000 m²’lik alan üzerine kurulmuştur. Küçükbakkalköy Meydanı’nda yer alan okul, bölgenin ilk eğitim kurumu olması nedeniyle Küçükbakkalköy adını almıştır.

Okulun kuruluş tarihinin 1925’li yıllara dayandığı bilinmektedir. Okula ait en eski diploma kaydı 1932 yılına aittir. İlk dönemlerde mevcut eski binanın yeniden düzenlenmesiyle beş sınıflı ilkokul olarak eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmüştür.

1959-1960 eğitim-öğretim yılında 186 öğrenci ile eğitim faaliyetlerine devam eden okulda, 1960-1961 eğitim-öğretim yılında 30 öğrenci mezun olmuştur.

1965-1966 eğitim-öğretim yılında yeni okul binasının yapılmasıyla birlikte okul 12 derslikli bir yapıya kavuşmuştur. 1981-1982 yılında 6 derslikli ek bina planlanmış, ek bina bir yıl sonra hizmete açılmıştır.

1993 yılına kadar Küçükbakkalköy İlkokulu adıyla faaliyet gösteren okulun adı, 1993 yılından itibaren Küçükbakkalköy Kemal Berktan İlkokulu olarak değiştirilmiştir.

2008-2009 eğitim-öğretim yılında İstanbul Sismik Riskin Azaltılması ve Acil Durum Hazırlık Projesi (İSMEP) kapsamında okul binası yıkılarak yeniden yapılmak üzere eğitim-öğretime bir yıl süreyle Ata İlköğretim Okulu bünyesinde devam edilmiştir.

2008-2009 eğitim-öğretim yılında Ataşehir’in Kadıköy ilçesinden ayrılarak ilçe statüsü kazanmasıyla birlikte okul, yeni idari yapılanma içerisinde yer almıştır. 2009-2010 eğitim-öğretim yılından itibaren yeni hizmet binasında eğitim-öğretime başlayan okulun üçüncü katında aynı dönemde Ataşehir İlçe Millî Eğitim Müdürlüğü de faaliyet göstermiştir. İlçe Millî Eğitim Müdürlüğü, 2012-2013 eğitim-öğretim yılında yeni hizmet binasına taşınmıştır.

2012-2013 eğitim-öğretim yılında uygulamaya geçirilen 4+4+4 eğitim sistemi doğrultusunda okulun adı Küçükbakkalköy Kemal Berktan Ortaokulu olarak değiştirilmiş ve eğitim-öğretim faaliyetlerine bu isimle devam etmeye başlamıştır.

Okul; Türkiye Yüzyılı ve eğitim vizyonları doğrultusunda, Tasarım ve Beceri Atölyeleri kapsamında gerçekleştirilen çalışmalarla; öğrencilerin akademik, sosyal, kültürel ve kişisel gelişimlerini destekleyen, değer odaklı eğitim anlayışıyla faaliyetlerini sürdüren bir eğitim kurumudur.