Okul ilk defa Birinci Dünya Savaşı esnasında Bursa ve havalisi düşman tarafından işgal edilince, oralardan İstanbul’a göç eden ve Davutpaşa Kışlası’na yerleştirilen göçmen çocukları için kışla içinde açılmıştır. 1920-1921 yılında kışlanın boşaltılması üzerine okul Maltepe’ye nakledilir. Maltepe’de İbrahim Ağa Sokağı’nda Bay Ziver’in evinde öğretime devam edilir. 

1923-1924 yılında yeni okul binasının yapımıyla 32. İlkokul adıyla öğretime başlar.

1948 1949 öğretim yılında okul bulunduğu semtin adını alarak Fatih Topkapı Maltepesi İlkokulu ismini almıştır. 

1959 yılında Zeytinburnu ilçe olunca okulun bulunduğu semt bu ilçeye bağlanmıştır. Dolayısıyla okulda Zeytinburnu ilçesine bağlanarak Topkapı Maltepe İlkokulu ismini almıştır. 

1963-1964 öğretim yılında Ülker Bisküvi Fabrikası sahiplerinden Sabri Ülker bir kaza sonucu vefat eden oğlu Oruç Gazi İlkokulu 3. sınıf öğrencisi Ali Ülker adına şimdiki yeni okul binalarını yaptırmıştır. Okulun ismi Ali Ülker İlkokulu olarak değişmiştir.

Sekiz yıllık kesintisiz eğitim uygulaması süresince Ali Ülker İlköğretim Okulu olan okul 2012 sonrasında Ali Ülker Ortaokulu olarak eğitim ve öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.