Boğaz kıyısında bulunan okul binası, 1871 yılında Sultan Abdülaziz Han tarafından, Serkis Balyan Ustaya Çırağan Sarayı’na ek olarak yaptırılmış ve Harem Dairesi olarak kullanılmıştır.

Gerek planı gerekse süslemeleriyle 19. yüzyıl Osmanlı mimarisinin en güzel örneklerinden birini oluşturan bina; orijinal hâlini büyük ölçüde koruyan dış cephesi, odaları ve tavan işlemeleriyle tarihî değerini günümüzde de taşımaktadır.

Sultan Abdülaziz Han, tahttan indirilmeden önce 1876 yılında Dolmabahçe Sarayı’ndan Çırağan Sarayı’na nakledilmiş ve kısa bir süre burada yaşamıştır. Tarih boyunca birçok önemli olaya tanıklık eden Çırağan Sarayı ve günümüzde Beşiktaş Anadolu Lisesi olarak kullanılan bina, bu tarihî geçmişin izlerini taşımaktadır.

Mevcut bina, 1924 yılında Cumhuriyet döneminin ilk eğitim düzenlemeleri kapsamında Cumhuriyet’in 21. okulu olarak Türk Millî Eğitim sistemine kazandırılmıştır.

1937-1938 eğitim öğretim yılında Akaretler’de, eski Anafartalar Ortaokulunun bulunduğu binada; yalnızca orta 1 ve orta 2 sınıfları bulunan karma bir okul olarak eğitim öğretime başlayan kurum, 1940-1941 eğitim öğretim yılında bugünkü binasına taşınmış ve Beşiktaş 2. Kız Ortaokulu adını almıştır.

Millî Eğitim Bakanı Tahsin Banguoğlu döneminde, Beşiktaş 1. Ortaokulunun kaldırılması üzerine buradaki erkek öğrencilerin bir kısmının okula aktarılmasıyla kurum karma eğitime geçmiştir.

1959-1960 eğitim öğretim yılında, Atatürk Kız Lisesinin Deneme Lisesi hâline getirilmesi üzerine okulun adı “Beşiktaş Kız Lisesi” olarak değiştirilmiştir.

1993-1994 eğitim öğretim yılından itibaren yeniden karma lise statüsüne dönüştürülen okul, “Beşiktaş Lisesi” adını almıştır.

2006 yılından itibaren Anadolu Lisesi statüsüne geçen okul, günümüzde “Beşiktaş Anadolu Lisesi” adıyla ve Proje Okul kapsamında eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.