Kurumun geçmişi 1929 yılına dayanmaktadır. Eğitim-öğretim faaliyetlerine, Yıldız Sarayı yerleşkesinde bulunan ve Sultan II. Abdülhamid’in başhekimine ait olan yapıda “50. İlkokul” adıyla başlanmıştır.

1948-1949 eğitim-öğretim yılında kurumun adı “Yıldız İlkokulu” olarak değiştirilmiştir. Barbaros Bulvarı’nın açılması sırasında eski binanın yıkılmasının ardından inşa edilen yeni okul binası, 26 Eylül 1964 tarihinde hizmete açılmıştır.

1981 yılında Hacı Ömer Sabancı Vakfı tarafından gerçekleştirilen tadilat ve ek bina çalışmaları sonrasında, merhum Sakıp Sabancı’nın adı kuruma verilmiş ve kurum “Sakıp Sabancı Yıldız İlköğretim Okulu” adını almıştır.

1992 yılında aynı vakıf tarafından ikinci ek bina ve kapsamlı tadilat çalışmaları gerçekleştirilmiş, kurum 1992-1993 eğitim-öğretim yılından itibaren “Sakıp Sabancı Lisesi” adıyla hizmet vermeye başlamıştır.

1993-1994 eğitim-öğretim yılından itibaren yabancı dil ağırlıklı lise programı uygulanmaya başlanmış, 1998-1999 eğitim-öğretim yılında ise Anadolu lisesi statüsüne geçilmiştir.

Kurum, günümüzde Sakıp Sabancı Anadolu Lisesi adıyla eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.