Okulun 1926 yılında eğitim öğretime başladığı, okula kayıt yaptıran öğrencilerin kayıt defterleri ile öğretmen teftiş raporlarına ulaşılmasıyla kesinlik kazanmıştır. Mahallenin (köyün) ileri yaştaki sakinlerinden edinilen bilgilere göre, 1926 yılında okul olarak kullanılan yapı bir tekke evi olup burada Mükerrem Efendi tarafından çocuklara ders verilmiştir.

Okul, daha sonra tekke evinden ayrılarak eski değirmenin bulunduğu, günümüzde Beykoz Belediyesi Ek Hizmet Binası olarak kullanılan alanın bulunduğu yere taşınmıştır. Burada 1, 2 ve 3. sınıflardan oluşan bir ilkokul olarak eğitim öğretime devam edilmiştir. Öğrenciler, 4. ve 5. sınıf eğitimlerini tamamlamak için Beykoz’a gitmişlerdir.

İlerleyen yıllarda, günümüzde Akbaba Anadolu Lisesinin bulunduğu alana beş derslikli bir ilkokul binası ile üç lojman yapılmıştır. Okul, 1993 yılında, eski yerinin yaklaşık 200 metre aşağısına inşa edilen iki katlı ve 11 derslikli yeni binasına taşınmıştır.

Bir süre sonra okul, ilkokuldan ilköğretim okuluna dönüştürülmüş; ikili ve taşımalı eğitim uygulamasına geçilmiştir.

Mayıs 2004’te, hayırsever İsmail Özseçkin adına faaliyet gösteren İsmail Özseçkin Vakfı tarafından okul binasının bakım ve onarımı gerçekleştirilmiş, ayrıca mevcut binaya 620 metrekarelik ek bina yapılmıştır. Yaklaşık üç ay içerisinde tamamlanan ek bina, 1 Ekim 2004 tarihinde hizmete hazır hâle getirilmiştir. Vakfın eğitime sağladığı katkılar nedeniyle okulun adı Akbaba İsmail Özseçkin İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir.

Ek binanın resmî açılışı, 8 Nisan 2005 tarihinde, dönemin Millî Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik tarafından gerçekleştirilmiştir.

Okul, 2012-2013 eğitim öğretim yılına kadar Akbaba İsmail Özseçkin İlköğretim Okulu adıyla faaliyetlerini sürdürmüştür. 2012-2013 eğitim öğretim yılından itibaren ise Akbaba İsmail Özseçkin İlkokulu ve Ortaokulu olarak eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmiştir.

Ocak 2015’te okulun adı İsmail Özseçkin İlkokulu-Ortaokulu olarak değiştirilmiştir. 2016 yılında ilkokul ve ortaokul birbirinden ayrılarak müstakil müdürlüklere dönüştürülmüştür.

Taşıma merkezi okul niteliğinde olan okulumuzda, Akbaba Mahallesi’nin yanı sıra Dereseki, Kaynarca ve Anadolu Feneri mahallelerinden gelen öğrencilere de eğitim hizmeti verilmektedir.

Günümüzde okulumuzda normal (tekli) eğitim yapılmakta olup 3 idari oda, 11 derslik, FETEM atölyesi, çok amaçlı salon ve kütüphane bulunmaktadır.