Okulumuzun eğitim-öğretime başladığı tarih Osmanlıca öğrenci sicil defterinde (h, 1331- 1332) m.1912- 1913 olarak görülmekte olup ismi Hoca İshak Efendi Örnek Erkek Mektebi (Hoca İshak Efendi Zükur Numune Mektebidir. 1924-1925 öğretim yılında Beyoğlu 1. Mektep, 1939-1940 öğretim yılında Halıcıoğlu 1. İlkokul, 1945-1946 yılından itibaren Beyoğlu Birinci İlkokul, 1948-1949 yılından itibaren ise tekrar ilk ismini alarak Hoca İshak Efendi İlkokulu olarak eğitim-öğretime devam etmiştir. 1944-1948 yıllarına kurslu akşam ilkokulu olarak da hizmet etmiştir. 1996-1997 öğretim yılından itibaren ilköğretim okuluna dönüştürülmüş ve Hoca İshak Efendi İlköğretim Okulu adını almıştır. Eğitime başlanan bina Şahbaz adında bir Musevi'nin evi olarak 18. Yüzyıl sonlarına doğru yapılmış olup daha sonra yabancı ve Osmanlı ileri gelenlerine mesken olarak tahsis edilmiştir. Bilahare hazineye intikal etmiştir. Tarihi binamız Haliç'i yüksek bir noktadan görmektedir. Binanın ön kısmında 1m eninde sarnıç bulunmaktadır. Binamız 1982 yılında geçirdiği yangınla tamamen yanmıştır. Yapılan tadilat ve onarımla 1983-1990 yılında tekrar eğitim-öğretime başlamıştır. 2000 yılından sonra ahşap pencereler pvc olarak değiştirilmiştir. Çatı onarılmış, 2008 yılında elektrik tesisatı komple yenilenmiştir. Tarihi Bina eğitim-öğretim için yetersiz kalınca yeni bir bina yapılmış ve 1961-1962 yılında faaliyete geçirilmiştir. 2012-2013 öğretim yılında okulumuz İmam Hatip Ortaokulu olmuştur, halen 680 öğrenci ile eğitime devam etmektedir. Okulumuz tarihi binasının restorasyonu tamamlanmış olup 2019 yılında hizmete geçmiştir. Eğitim öğretime tekli eğitim olarak devam edilmektedir.