1899 yılında yapımına başlanan günümüzde 2. Derece tarihi eser statüsünde olan okul; 1904 yılında inşa edilmiştir.  Celaliye de o zamanlar ikamet eden Rum halkı dönemine göre modern bir okul olarak yapılan binanın inşaat malzemelerini, tuğlasını, mermerini Marsilya Fransa’dan getirtirler. Okulun inşaatında Fransız tuğlaları ve mermerleri kullanılmıştır. 1923 yılına kadar Rum Okulu olarak kullanılan Taş Mektep, mübadele sonrası Türk okulu halini aldı. Celaliye bölgesinde bir süre Celaliye İlkokulu olarak faaliyet göstermiştir. Sonrasında 1990 ile 2012 yıları arası   kullanılmadan kapalı kalmıştır. 2012 yılında bağışçı Mustafa Çile’nin girişimleri ile yenileme çalışmalarına başlandı. İsmail Çile'nin kardeşleri vefat eden abileri adına bağışta bulunarak okulun restorasyonunu yaptırdılar ve okulun adı İsmail Çile Özel Eğitim Uygulama Okulu I, II ve III. Kademe Müdürlüğü olarak 2012-2013 eğitim öğretim yılı başında hizmete açıldı.  Okulda bazı değişiklikler yapılsa da günümüzde de ilk yapıldığı dönemdeki mimari özelliklerini büyük ölçüde korumaktadır. Okulumuz İlköğretim çağında bulunan orta ve ağır düzeyde zihinsel engelli ve orta ağır otistik öğrencilere öğrencinin özel durumu dikkate alınarak hazırlanan Bireysel Eğitim Planları doğrultusunda eğitim vermektedir. Okulumuzun binası II. derece tarihi eser statüsündedir. 2025 yılından itibaren sadece III. Kademe öğrencileri eğitime devam etmektedir. Öğretim yılı kronolojisine göre okulumuzda görev yapan müdürlerimiz aşağıdaki gibidir: 2012-2019 Eğitim Öğretim Yıllarında Kurucu Müdür Serkan Ulubulut, 2020 Eğitim Öğretim Yılında Mustafa Çalışkan okulumuza müdür olarak atanmıştır.